1. 计算与系统生物学
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Essential metabolism for a minimal cell

  1. 玛丽安布鲁尔
  2. Tyler M诚挚
  3. 查克·梅里曼
  4. 基姆的智慧
  5. 孙立杰
  6. Michaela R Lynott
  7. 克莱德A和记黄埔
  8. Hamilton O Smith
  9. 约翰拉皮克
  10. David J Gonzalez
  11. Valérie de Crécy-Lagard
  12. 德拉戈哈斯
  13. 安得烈·D·汉森
  14. Piyush Labhsetwar
  15. 约翰尼玻璃
  16. Zaida Luthey-Schulten 是通讯作者
  1. University of Illinois at Urbana-Champaign,美国
  2. J Craig Venter研究所,美国
  3. University of California,圣地亚哥美国
  4. 佛罗里达大学美国
研究文章
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引用本文AS:188bet体育电竞elife 2019;8:e36842 DOI:10.7554/188bet体育电竞eLife.36842

摘要

JCVI-同步3A,一个具有543 kbp基因组和493个基因的强大的最小细胞,provides a versatile platform to study the basics of life.Using the vast amount of experimental information available on its precursor,Mycoplasma mycoides capri,我们在注释或实验的支持下,将98%的酶反应组装成一个近乎完整的代谢网络。该模型与基因组规模一致。体内转座子突变实验,showing a Matthews correlation coefficient of 0.59.重建中的基因体内必要性或准必要性92%(68%必要性),与79%相比生物信息学重要性。同时,JCVI-SYN3A最小代谢的一致模型也指出了关于JCVI-SYN3A最小基因组的特定开放性问题,which still contains many genes of generic or completely unclear function.特别地,模型,它与体内essentiality and proteomics data yield specific hypotheses on gene functions and metabolic capabilities;并为进一步的基因去除提供建议。这样,该模型及其附带的数据指导了对最小单元的未来研究。最后,对30个功能不明确的基本基因的鉴定,将有助于寻找代谢以外的新的生物学机制。

Article and author information

作者详情

  1. 玛丽安布鲁尔

    Department of Chemistry,University of Illinois at Urbana-Champaign,乌尔瓦纳美国
    Competing interests
    No competing interests declared.
  2. Tyler M诚挚

    Department of Chemistry,University of Illinois at Urbana-Champaign,乌尔瓦纳美国
    Competing interests
    No competing interests declared.
    奥西德图标 “此orcid id标识本文作者:”0000-0002-1630-0791
  3. 查克·梅里曼

    合成生物学组,J Craig Venter研究所,拉乔拉美国
    Competing interests
    No competing interests declared.
  4. 基姆的智慧

    合成生物学组,J Craig Venter研究所,拉乔拉美国
    Competing interests
    No competing interests declared.
  5. 孙立杰

    合成生物学组,J Craig Venter研究所,拉乔拉美国
    Competing interests
    No competing interests declared.
  6. Michaela R Lynott

    合成生物学组,J Craig Venter研究所,拉乔拉美国
    Competing interests
    No competing interests declared.
  7. 克莱德A和记黄埔

    合成生物学组,J Craig Venter研究所,拉乔拉美国
    Competing interests
    Clyde A Hutchison,is a consultant for Synthetic Genomics,股份有限公司。(SGI)持有SGI股票和/或股票期权。
  8. Hamilton O Smith

    合成生物学组,J Craig Venter研究所,拉乔拉美国
    Competing interests
    汉密尔顿·史密斯,is on the Board of Directors and cochief scientific officer of Synthetic Genomics,股份有限公司。(SGI)并持有SGI股票和/或股票期权。
  9. 约翰拉皮克

    药理学系,University of California,圣地亚哥拉乔拉美国
    Competing interests
    No competing interests declared.
  10. David J Gonzalez

    药理学系,University of California,圣地亚哥拉乔拉美国
    Competing interests
    No competing interests declared.
  11. Valérie de Crécy-Lagard

    Department of Microbiology and Cell Science,佛罗里达大学盖恩斯维尔美国
    Competing interests
    No competing interests declared.
  12. 德拉戈哈斯

    Department of Microbiology and Cell Science,佛罗里达大学盖恩斯维尔美国
    Competing interests
    No competing interests declared.
  13. 安得烈·D·汉森

    园艺科学系,佛罗里达大学盖恩斯维尔美国
    Competing interests
    No competing interests declared.
  14. Piyush Labhsetwar

    Department of Chemistry,University of Illinois at Urbana-Champaign,乌尔瓦纳美国
    Competing interests
    No competing interests declared.
  15. 约翰尼玻璃

    合成生物学组,J Craig Venter研究所,拉乔拉美国
    Competing interests
    No competing interests declared.
  16. Zaida Luthey-Schulten

    Center for the Physics of Living Cells,University of Illinois at Urbana-Champaign,乌尔瓦纳美国
    用于通信
    zan@illinois.edu
    Competing interests
    No competing interests declared.
    奥西德图标 “此orcid id标识本文作者:”0000-0001-9749-8367

基金

国家科学基金会(PHY 1430124博士后奖学金)

  • 玛丽安布鲁尔

National Institutes of Health (K12 GM06852)

  • 约翰拉皮克

加利福尼亚大学(校长办公室)

  • David J Gonzalez

Ray Thomas Edwards基金会

  • David J Gonzalez

研究所

  • 查克·梅里曼
  • 基姆的智慧
  • 克莱德A和记黄埔
  • Hamilton O Smith
  • 约翰尼玻璃

国家科学基金会(PHY 1430124)

  • 玛丽安布鲁尔
  • Tyler M诚挚
  • Zaida Luthey-Schulten

国家科学基金会(MCB-1611711)

  • Valérie de Crécy-Lagard
  • 安得烈·D·汉森

国家科学基金会(MCB-12445 70)

  • 玛丽安布鲁尔
  • Tyler M诚挚
  • Zaida Luthey-Schulten

能源部(ORNL 4000134575)

  • Piyush Labhsetwar

The funders had no role in study design,data collection and interpretation,或者决定将作品提交出版。

审阅编辑器

  1. Zoran Nikoloski,马克斯·普朗克分子植物生理研究所,德国

Publication history

  1. 收到日期:3月21日,二千零一十八
  2. Accepted: January 17,二千零一十九
  3. 已接受的稿件发布:1月18日,2019(第1版)

版权

2019,布鲁尔等人。

这篇文章是根据知识共享署名许可协议允许不受限制的使用和再分配,只要原始作者和来源是可信的。

韵律学

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