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对医护人员筛查SARS-CoV-2突出表明无症状携带在COVID-19传播中的作用

  1. 露西Rivett
  2. Sushmita bloom
  3. 多米尼克火花
  4. Matthew Routledge.
  5. 尼克·K·琼斯
  6. 莎莉·福雷斯特
  7. 杰米年轻
  8. 琼娜Pereira-Dias
  9. 威廉L汉密尔顿
  10. 马克·费里斯
  11. M雅诗托罗
  12. 路加福音梅雷迪思
  13. CITIID-NIHR 2019冠状病毒病生物资源合作
  14. 马丁d柯伦
  15. 斯图尔特富勒
  16. 阿夫扎尔乔杜里
  17. 阿什利·肖
  18. 理查德J Samworth
  19. 约翰·R·布拉德利
  20. 戈登·多根
  21. Kenneth Gc Smith.
  22. 保罗J雷纳
  23. Nicholas J Matheson
  24. 吉尔斯•莱特
  25. 伊恩·古德费洛g ^
  26. 贝克尔
  27. Michael P不同。 是通讯作者
  1. 传染科,剑桥大学医院NHS信托基金会,英国
  2. 临床微生物学和公共卫生实验室,英国公共卫生部,联合王国
  3. 英国威康桑格研究所
  4. 英国剑桥大学医学系
  5. 剑桥大学治疗免疫和传染病研究所(CITIID), Jeffrey Cheah生物医学中心,剑桥大学生物医学校园,英国
  6. 英国剑桥大学医学遗传学学术部
  7. 职业健康和福祉,剑桥大学医院NHS基金会信托,英国
  8. 英国剑桥大学NHS医院基金会微生物系
  9. 英国剑桥大学病理区病毒学教研室
  10. 国家卫生研究院研究院剑桥,临床研究设施,英国
  11. 英国剑桥大学医院NHS基金会信托
  12. 英国数学科学中心统计实验室
  13. 英国国立卫生研究院剑桥生物医学研究中心
  14. 英国NHS血液和移植
研究文章
引用这篇文章作为:188bet体育电竞eLife 2020; 9: e58728 doi:10.7554/188bet体育电竞eLife.58728

摘要

显著差异医护人员(医护人员)国家之间SARS冠状病毒-2检测的有效性存在,而现有的项目集中在筛选症状,而不是无症状的工作人员。在3周期间(四月2020年),1032名无症状的医护人员在英国一家大型教学医院进行了筛选SARS-COV-2。有症状的人员和对症家庭接触者进行补测。实时RT-PCR用于从喉部+鼻子自拭子检测病毒RNA。在医护人员的3%无症状筛查组测试的正面为SARS-CoV的-2。17/30(57%)是真正的无症状/寡症状。12/30(40%)是具有与冠状病2019(COVID-19)>测试之前7天,最自分离,返回井兼容经验的症状。医护人员感染的集群上的两个独立的病房被发现。病毒基因组测序表明,多数医护人员有占主导地位的支系B∙1。我们的数据表明有很少或没有症状,医护人员全面筛查的效用。这种方法将有利于保护患者和医院工作人员的关键。

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目前,英国国家医疗服务体系(NHS)医院收治的患者都定期接受SARS-CoV-2(导致COVID-19的病毒)筛查,并在必要时与其他患者隔离。然而,医护人员,包括医生、护士和理疗师等面对患者的一线工作人员,只有在出现疾病症状时才会接受检测,并被排除在工作之外。

然而,有新兴的证据表明,许多人感染SARS-COV-2永远不会产生重大症状:因此,这些人将被“唯一的症状”测试错过。还有重要的数据显示,在感染的个体甚至在发育症状之前发生过大约一半的SARS-COV-2传输。这意味着在最传染性的时候需要更广泛的测试计划来发现人。

Rivett、Sridhar、Sparkes、Routledge等人着手确定有多少医护人员感染了SARS-CoV-2,同时在检测时感觉总体健康。英国一家大型医院的1000多名员工进行了检测,他们认为自己的身体状况足够好,不符合COVID-19感染政府标准。其中3%为SARS-CoV-2阳性。更仔细地问一下,大约五分之一的人报告没有症状,五分之二的人表示症状非常轻微,但他们认为不重要,还有五分之二的人报告COVID-19症状在一周多前已经停止。与此同时,有COVID-19症状并进行自我隔离的医护人员(及其家庭接触者)也接受了检测,以便让那些未感染病毒的人迅速返回工作岗位,支持紧张的劳动力队伍。

最后,研究人员检查了感染率,以调查病毒如何可能在医院和工作人员之间传播,特别是了解在COVID-19患者工作的地区工作人员的感染率是否更高。尽管穿戴了适当的个人防护装备,这些地区的医护人员检测呈阳性的可能性几乎是在无COVID-19患者地区工作的医护人员的三倍。然而,尚不清楚这是否真的反映了患者将感染传染给工作人员的更高比例。工作人员可能会相互传染病毒,甚至在家里感染病毒。

总的来说,这项工作意味着医院需要保持警惕,并在其工作人员中引入广泛的筛查方案。在“封锁”完全解除之前建立这样的方法至关重要,这样医疗机构才能为任何第二个感染高峰做好准备。

介绍

尽管世界卫生组织(WHO)提倡广泛检测SARS-CoV-2,但各国的执行能力存在很大差异(WHO,2020B我们的数据世界,2020年).在英国,战略是对自身出现症状或有症状家庭接触者的重要工作人员进行SARS-CoV-2检测。最近对有症状的HCWs (亨特等人,2020年基利等人,2020年).越来越多的人认识到SARS-CoV-2在医院传播的作用,在一些报告的病例中占12-29% (Wang et al., 2020).重要的是,数据显示,医院传播的严重程度和死亡风险可能高于社区获得性COVID-19 (麦克迈克尔等人,2020年).

从医院收购COVID-19的医护人员和家属的保护是至关重要的,并且通过医护人员死亡国内和国际上的数字上升(强调库克等人,2020年疾控中心COVID-19应对小组,2020年).在以往的流行病中,hccw筛查方案鼓舞了士气,减少了缺勤,并可能减少了长期心理后遗症(McAlonan等人,2007年).此外,当个人或家庭成员检测结果呈阴性时,亦可提早复工(亨特等人,2020年基利等人,2020年).另一项主要考虑事项是保护易受感染的病人免受可能具有传染性的劳动力(麦克迈克尔等人,2020年),尤其是在照顾病人时,不可能保持社会距离。早期识别和隔离感染性HCW可能有助于防止向患者和同事传播,而有针对性的感染预防和控制措施可能会降低与医疗相关的暴发风险。

COVID-19的临床表现可能包括轻微或无症状(WHO,2020A).明确报告了无症状或症状前传播,估计约占所有COVID-19病例的一半(他等人,2020年).因此,仅关注有症状的HCWs的筛查方法不太可能足以抑制医院传播。初步数据表明,大规模筛查和隔离无症状个体可能是在社区环境中阻止传播的有效方法(天,2020).最近的建模表明,如果能在24小时内获得结果,除了根据症状进行隔离外,每周检测无症状HCWs可将后续传播减少16-23% (帝国理工学院COVID-19应对小组,2020年).很明显,有必要广泛采用一项扩大的无症状和有症状的HCWs筛查计划(帝国理工学院COVID-19应对小组,2020年Black等2020年甘地等人,2020年).

扩大筛查计划的推出面临的挑战包括提高诊断检测能力的能力,影响取样和周转时间的后勤问题,以及如果大量工作人员检测呈阳性,对劳动力损耗的担忧。在这里,我们描述了我们如何处理这些挑战,并提出了剑桥大学医院NHS基金会信托(CUHNFT)全面的员工筛查计划的初步发现。这包括在工作场所系统筛查1000名无症状HCWs患者,以及200名有症状的工作人员或家庭接触者。采用经验证的实时逆转录PCR (RT-PCR)检测口咽(OP)和鼻咽(NP)联合拭子中的SARS-CoV-2 (Sridhar等人,2020年).对阳性样本进行快速病毒测序,以进一步评估怀疑医院传播的潜在流行病学联系。我们的经验强调了针对有症状和无症状人员的项目的价值,并将为在英国和全球建立类似项目提供信息。

结果

医护人员组和测试组的特性

6之间th和24th2020年4月,对CUHNFT中的1270名HCWs及其有症状的家庭接触者进行了拭子采集和实时RT-PCR检测SARS-CoV-2。HCWs的中位年龄为34岁;71%为女性,29%为男性。RT-PCR技术失败率为2/ 1270(0∙2%见材料和方法);为了进一步分析,这些人被排除在“测试”人群之外。最终,5% (n = 61)拭子为SARS-CoV-2阳性。21人因各种原因接受了重复检测,包括症状的演变(n = 3)和COVID-19临床标准的“中等”可能性(表1- - - - - -2)(n = 11)。所有剩余的SARS-COV-2负面。从样本收集到导致的时间转到12-36小时;这根据时间样本而变化。

表1
估计新冠病毒-19检测前概率的临床标准。
COVID-19概率标准
主要 发烧(> 37.8°C)
新的持续咳嗽
与确诊病例进行无保护的密切接触*
沙哑的声音
非持久性咳嗽
喉咙痛
鼻涕或鼻塞
呼吸急促(气促)
喘息着说
头疼
肌肉酸痛
恶心、呕吐和/或腹泻
嗅觉丧失味觉或嗅觉的丧失
  1. *无保护的紧密接触定义为面对面接触或在感染者的2米范围内花费超过15分钟,而不穿适当的个人防护设备(PPE)。

表2
根据所显示的临床特征,COVID-19检测前的概率类别表1
新冠病毒19的分层概率 被排除在工作之外的含义
高概率 ≥2主要症状或症状
≥1个主要症状,≥2个轻微症状
无论检测结果如何,自发病之日起进行7天的自我隔离。只有在发烧48小时且症状有所改善的情况下才返回工作岗位*。
无论检测结果如何,家庭接触者应自首例病例出现症状之日起自我隔离14天。如果出现症状,应自发病之日起自我隔离7天,仅在发热48小时且症状有所改善*后再返回工作岗位。
中等概率 1主要症状或
主要症状0例,轻微症状≥3例
试验结果阳性:自隔绝从发病之日起7天,只有在发热48小时后才能恢复工作,症状有所改善*。家庭联系人应自检14天后从索引病例症状发作后的14天。如果出现症状,应自发病之日起自我隔离7天,仅在发热48小时且症状有所改善*后再返回工作岗位。
检测结果阴性:从初始拭子48小时重复检测。如果重复检测呈阳性,请遵循上面详细的建议。如果重复检测呈阴性,除非症状恶化,否则返回工作岗位。家庭接触者不需要自我隔离。
低概率 0主要症状和1-2轻微症状 检测结果阳性:自检测之日起自我隔离7天,发热48小时,症状好转*方可复工*家庭接触者应自检测之日起自我隔离14天。如果出现症状,应自发病之日起自我隔离7天,仅在发热48小时且症状有所改善*后再返回工作岗位。
测试结果阴性:恢复工作,除非症状恶化。家庭接触者不需要自我隔离。
无症状 0主要症状和0微小症状 检测结果阳性:自检测之日起自隔离7天。如果在检测后出现症状,应自发病之日起进行7天的自我隔离,只有在发热48小时且症状有所改善*时才应恢复工作*。家庭接触者应自检测之日起自我隔离14天。如果出现症状,应自发病之日起自我隔离7天,仅在发热48小时且症状有所改善*后再返回工作岗位。
检测结果阴性:继续工作,除非出现症状。家庭接触者不需要自我隔离。
  1. *无其他症状的残余咳嗽不应妨碍返回工作岗位。

表3概述在每个筛查组中进行的SARS-CoV-2检测总数(无症状的医护人员HCW症状,有症状的家庭接触者),根据预计接触COVID-19风险最高的病房分类(“红色”,高;“琥珀”,媒介;“绿色”,低;表4- - - - - -5).总共31 / 1,032(3%)在其中测试的那些HCW无症状筛查组SARS-CoV-2积极进行测试。相比之下,30/221(14%)在HCW症状HCW有症状家庭接触筛查组是结合在一起的。正如预期的那样,有症状的HCWs及其家庭接触者的检测呈阳性的可能性明显高于来自非洲的HCWs无症状筛查组(p<0.05)∙0001,费舍尔精确检验)。在“红色”或“琥珀色”病房工作的医务人员比在“绿色”病房工作的医务人员更可能检测出阳性(p=0.05)∙0042,费希尔精确试验)。

表3
根据潜在接触的最高风险病房分类的每个筛查组中进行的SARS-CoV-2检测总数。
临床领域
绿色 琥珀色的 红色的 未知的 总计
HCW无症状筛查组 7/454
(1.5%)
4/78
(5.1%)
466分之20
(4.3%)
0/34
(0%)
1032分之31
(3%)
HCW症状筛查组 8/66
(12.1%)
1/9
(11.1%)
17/88
(19.3%)
0/6
(0%)
26/169
(15.4%)
HCW症状家庭联系人 2/14
(14.3%)
0/1
(0%)
0/14
(0%)
2/23
(8.7%)
4/52
(7.7%)
未知的 0/4
(0%)
0/0 0/7
(0%)
0/4
(0%)
0/15
(0%)
全部的 17/538
(3.2%)
5/88
(5.7%)
575分之37
(6.4%)
2/67
(3%)
61/1268
(4.8%)
表4
医院的红绿灯上色系统,根据预计的COVID-19暴露风险对病房进行分类。

不同类型的个人防护用品(表5).

红色(高风险) 琥珀(中等风险) 绿色(低风险)
确诊患者为SARS-CoV-2 RT-PCR阳性或临床高度怀疑患者的地区 有患者等待SARS-CoV-2 RT-PCR检测结果的地区,或已暴露并可能潜伏感染的地区 没有已知的SARS-COV-2 RT-PCR阳性的患者方面,并没有临床怀疑COVID-19
表5
PPE协议(“情境”)及其与病房类别的关系。
PPE的场景
场景0 场景1 场景2 场景3
区域描述 没有任何已知或疑似新冠病毒-19病例的所有临床区域 COVID-19疑似或确诊患者的指定病房、分诊和评估护理 其中气雾产生程序与疑似进行频繁或COVID,19例确诊Cohorted区 为疑似或确诊的COVID-19患者进行手术的手术室
PPE描述 随时佩戴防液口罩、与病人接触时使用的围裙和非消毒手套(两米以内) 手术服、防液口罩、手术室帽、护眼用具、围裙和非无菌手套 防水服、FFP3口罩、护眼、手术室帽、外科手套、围裙和非无菌手套(两米以内) 防水服、FFP3口罩、护眼、手术室帽、手术手套
沃德类别 绿色病房,
例如,指定的急诊科和医疗入院单位。内科,外科和血液科病房/门诊。
琥珀色+红色病房,
例如,指定的急诊科和医疗入院单位。指定的CoVID-19确诊病房。
琥珀色+红色病房,
例如重症监护室,呼吸单位,非侵入性的通风设施。
所有手术室,包括支气管镜和内窥镜设备。

所有使用FFP3口罩的人在使用前都进行了常规测试。鼓励清洁和重复使用口罩、剧院帽、手套、围裙和长袍。根据医院个人防护装备规程的规定,某些类型的护目镜和护目镜允许清洗和重复使用护眼用具。场景1和场景2的大部分区域都使用了一次性眼保护装置,没有进行清洁和重复使用。实验室确诊或临床疑似COVID-19患者的所有无创通气或高流量鼻氧使用均在负压(- 5帕斯卡)侧室进行,每小时换气10次,并使用场景2个人防护装备。所有其他产生气溶胶的程序都是在负压或中性压力设施中,在情况2的个人防护装备下进行的。一般临床区每小时至少换6次空气,但所有重症监护区每小时至少换10次空气。外科手术室通常每小时至少要换气25次。

病毒载荷在个体之间变化,可能反映采样部位的性质。但是,对于检测SARS-COV-2阳性的个体,病毒载量对于那些人来说明显降低HCW无症状筛查组比由于出现症状而被测试的患者(图1).为HCW症状HCW症状接触筛查组,病毒载量与症状持续时间或临床标准风险评分无相关性(图1 -图补充和数据未显示)。

根据HCW组,SARS-CoV-2 RNA CT(周期阈值)值为检测呈阳性的个体。

HCW无症状筛查组(绿色圆圈);HCW症状有症状家庭接触筛查组(蓝色方块)。Mann Whitney检验用于比较两组。柱状图:中位数+ / -四分位范围。值得注意的是,较低的CT值对应于RT-PCR过程中较早检测到的病毒RNA,因此可以识别具有较高病毒基因组拷贝数的拭子。

三组SARS-CoV-2阳性无症状HCW

每个人HCW无症状筛查组,以建立临床病史和COVID-19概率标准(表1)进行回顾性应用到现有归类在一个月任何症状到测试(图2).记者无法联系一名HCW获得进一步的历史。被HCW无症状筛查组一般来说在筛选时无症状然而,可以分为三个小组:(i)HCW,没有症状,(ii)HCW(主要低于中介质Covid-19概率)症状开始筛选≤7天和(III)HCW(通常高Covid-19概率)症状开始筛选> 7天(图2).9/12(75%)的症状发作的个体>原第7天者可以适当地自动分离,然后返回工作。与擦拭之前,随后出现症状的时间内没有症状的一个个体的存在与他们正面接触的结果。总体而言,无症状筛查组1032分之5(0.5%)的个体被鉴定为SARS-CoV的-2和1032分之1(0.1%)的真正无症状携带者被认定为症状前。箱1显示说明性的临床小叶。

工作人员的三个分组从检测SARS-COV-2阳性HCW无症状筛查组

(中心饼图,在正文中详细描述)。n=个体数量(占总数的百分比)。通过回顾性分析,外围饼图显示了低、中、高新冠病毒-19概率症状组(ii-右饼图)和(iii-左饼图)中个体的数量和百分比。

框1。

临床小叶。

自隔离指示如上所述表2

案例1完全无症状.HCW1最近在四个病房工作(两个“绿色”病房,两个“琥珀”病房)。在检测呈阳性后,她报告在前三周内没有症状,并被要求立即回家进行自我隔离。HCW1和她的伴侣住在一起,她的伴侣没有暗示性症状。检测后14天随访电话咨询,HCW1未出现明显症状,提示为真正的无症状感染。

案例2Pre-symptomatic.HCW2在无症状、检测呈阳性的情况下进行拭子检查。当打电话告知结果时,她报告在过去24小时内开始咳嗽、发烧和头痛,并建议从症状出现时开始自我隔离(表2).她的伴侣也是HCW2患者,有症状并在2天前被确认为SARS-CoV-2阳性,表明感染可能传播给HCW2患者。

案例3新冠病毒临床发生率低HCW3在筛查前3天出现轻度自限性咽炎,并在无咳嗽或发烧的情况下继续工作。由于有哮喘病史,她一直在医院的绿色区域工作。自我隔离从阳性检测开始HCW3在医院外唯一的联系人,她的室友,情况良好。经电话随访,HCW3的轻度症状完全消退,无发热或持续咳嗽,提示无症状感染。

案例4临床感染COVID的可能性中等HCW4在筛查前三天出现嗅觉缺失、恶心和头痛,并在没有咳嗽或发烧的情况下继续工作。自阳性试验时起开始自我隔离。一个儿子在HCW4检测前3周出现轻度咳嗽,但她的伴侣和另一个儿子完全没有症状。在试验后10天的电话随访中,HCW4的轻度症状没有进展,但尚未缓解。

案例5新冠病毒的高临床概率.HCW5先前已经自分离出现,并且在筛选前六天内没有在新的高概率症状存在下重复这一点。自我隔离从新症状的日期开始,在重返工作岗位之前,他们应该完全良好。所有家庭联系人都很好。然而,在同一个病区上工作的另一个亲密的同事也测试了积极的,这表明该病房的HCW之间的潜在传播。

通过筛查无症状HCWs确定两个聚集性病例

HCW无症状筛查组,九个病房被确定为系统优先筛查,作为住院范围的监视的一部分。由于异常高的员工疾病(病房F),或对适当的PPE使用(病房Q)(病房Q)(图3).有趣的是,与HCW总体调查结果一致的是,在无症状筛查计划中,在“红色”病房工作的医务工作者的检测呈阳性比例明显高于在“绿色”病房工作的医务工作者(“绿色”6/310 vs“红色”19/372;p=0.0389, Fisher精确检验)。F病房HCW阳性检测的比例明显高于其他归类为“绿色”临床区的病房(f4 /43 vs其他“绿色”病房2/267;p=0.0040, Fisher精确检验)。同样,在“红色”区域的病房中,Q病房HCW检测结果呈阳性的比率明显更高(Q病房7/37 vs其他“红色”病房12/335;p=0.0011, Fisher精确检验)。

通过基于病房的无症状筛查,在21个临床区域发现SARS-CoV-2阳性病例的分布。

(在下面的“源数据”显示数据)。沃兹是根据预期的暴露的风险COVID-19(彩色(“绿色”,“琥珀”,“红”)表4).工作跨越医护人员> 1个病房计数每个区域。左侧Y轴显示与从总阳性结果的阳性结果从一个给定的病房的百分比HCW无症状筛查组(蓝色酒吧)。右y轴表示SARS-CoV-2检测总数(星号)和阳性数(粉红色圆圈)。在发现F区和Q区聚集性阳性病例后,进一步加强对这些病房的无症状筛查(图4.).在机会基础上,也对来自其他临床领域的一些人进行了无症状筛查试验;这些人的检测结果均为阴性。这些额外测试的结果包括在表1,但不在这个数字中。

F病房是老年人护理病房,指定为“绿色”区域,配备场景0个人防护装备(表4- - - - - -5),由于年龄和合并症,2019冠状病毒病易感患者比例较高。4/43(9%)病房工作人员SARS-CoV-2检测呈阳性。此外,该病房的两名工作人员在HCW有症状接触筛查组.要求所有阳性HCWs患者进行自我隔离,病房已关闭,不允许入院,并升级到场景1个人防护装备(表5).对另外18名F病房工作人员进行反应性筛查,发现另有3名无症状的人体健康工作者呈阳性反应(图4.)序列分析表明,在F病房工作的HCW样本中有6/9属于SARS-CoV-2谱系B∙1(目前已知至少在43个国家发行[Rambaut等人。,2020年]),另外两个属于B1∙7,一个属于B2∙1。这表明在F区HCW人群中出现了两次以上的SARS-CoV-2传入(图4-Figure补充1- - - - - -2表6).随后发现,从病房˚F另外两个工作人员以前曾收治重症COVID-19感染医院。

所有SARS-COV-2在病房F和Q中确定的阳性HCW,通过其识别机制分层。

SARS-CoV-2检测呈阳性的人HCW无症状筛查组被无症状筛查计划确定。测试呈阳性的人HCW症状/症状家庭联络小组S’是在出现症状后通过自我表现来识别的。测试呈阳性的人反应性筛选组是在最初的阳性群集被识别后,通过强化筛查计划发现的。

Q病房是一个普通内科病房,指定为“红色”临床区,用于护理COVID-19阳性患者,并具有场景1 PPE协议(表4- - - - - -5).在这里,7/37(19%)病房工作人员的SARS-CoV-2检测呈阳性。此外,一名工作人员的检测呈阳性HCW症状筛查组,与监护病房的监护时间相同。对另外五名在Q病房工作的工作人员的反应性筛查发现了另一名感染。4/4序列病毒来自B∙1系(图4-Figure补充1- - - - - -2表6;其它分离株不能被测序由于样品的CT值> 30)。所有阳性医护人员被要求自我隔离和感染控制,还开展了PPE审查,以确保环境清洁和PPE佩戴/落纱的做法是符合医院协议。员工培训和教育是不正确的感染控制和个人防护装备的实践地址观察情况提供。

O病房是一个“红色”医疗病房,筛查的无症状HCWs数量与F病房相似,阳性率也相似(4/44;9%)。该病房在研究结束后被列入进一步的群集调查名单,但在研究期间没有注意到不正确的PPE使用。

表6
研究中从所有卫生工作者和家庭接触者中分离出的每个SARS-CoV-2阳性分离物的详细情况。
患者ID 类型 HCW_ward Ct值 Seq未遂 Seq_ID %序列覆盖率 平均深度序列 穿山甲血统
C1 症状联系 HCW接触 23.9 Y CAMB-7FBB0 99.61 2048.5 责任
C3 症状联系 HCW接触 23 N 不可用
H3 无症状 B 31 Y CAMB-7C0C3 98.61 835.084 责任
H54. 有症状的 B 35
H12 有症状的 C 16 Y CAMB-7FB92 99.60 3312.22 责任
段H19 无症状 E 27 Y CAMB-7FC26 99.61 3632.26 B.1.1
C2 无症状 F 15.5 Y CAMB-7FC08 99.60 3157.08 责任
H17 无症状 F 33.6 Y CAMB-7FBFC 99.61 1167.76 责任
3 无症状 F 18 Y CAMB-7FC35 99.61 1350.65 责任
H21 无症状 F 22.8 Y CAMB-7FC44 99.60 3584.79 责任
H22 有症状的 F 24 Y CAMB-7FC53 99.60 3692.14 B.1.7
H23 无症状 F 32.7 Y CAMB-7FC62 99.60 1610.33 B.2.1
H35 有症状的 F 36 Y 综眼- 8221 f 73.00 104.391 责任
H36 无症状 F 29 Y 综眼- 8222 e 98.59 1882.65 B.1.7
H53. 症状联系 HCW接触 23
H38 无症状 K 36 N 不可用
H39 无症状 K 31 N 不可用
H28 有症状的 K / L / T / R /其他 18 Y CAMB-7FD32 99.60 3770.36 B.1.11
H11 无症状 32 Y CAMB-7FB83 99.60 1044.43 责任
H32 有症状的 N 33 Y 综眼- 81007 97.62 1196.53 责任
H47. 有症状的 N 32 N 不可用
H31 无症状 O 29 Y 综眼- 80 ffc 99.59 2286.08 责任
H45 无症状 O 36 N 不可用
H51. 有症状的 O 33
H57. 症状联系 O 23
H1 无症状 其他 23 Y CAMB-7C0A5 98.61 2277.92 责任
编辑 有症状的 其他 30 Y CAMB-7FB29 98.75 1317.43 责任
H7 有症状的 其他 26 Y CAMB-7FB47 99.61 3599.59 责任
H10 有症状的 其他 22 Y CAMB-7FB74 99.60 187.059 责任
H14 有症状的 其他 34 Y CAMB-7FBCF 99.61 1066.74 责任
H16 无症状 其他 27.8 Y CAMB-7FBED 99.60 796.874 责任
H24 有症状的 其他 21 Y CAMB-7FC80 98.62 916.884 责任
H25 有症状的 其他 21 Y CAMB-7FC9F 99.60 1505.09 责任
H33 有症状的 其他 35 Y 综眼- 81016 90.92 233.779 责任
H40 有症状的 其他 23 N 不可用
H46. 无症状 其他 36 N 不可用
H55. 有症状的 其他 26
H56. 无症状 其他 32
H30 无症状 其他/ k / o / f 31 Y 综眼- 80 fde 98.61 1773.74 责任
H5 有症状的 24 Y CAMB-7C1A2 97.75 2342.24 责任
H8 有症状的 14 Y CAMB-7FB56 99.60 2452.25 责任
H18 无症状 30 Y CAMB-7FC17 99.60 2585.89 责任
H29 无症状 31 Y 综眼- 80空军基地 99.60 2028.31 责任
这就是 无症状 35 N 不可用
H44. 无症状 28 N 不可用
H48. 无症状 36 N 不可用
H49. 无症状 35 N 不可用
H4 有症状的 R 24 Y CAMB-7C0D2 98.74 2083.89 责任
H9 有症状的 R 19 Y CAMB-7FB65 99.61 3288.11 责任
H13 有症状的 R 21 Y CAMB-7FBA1 99.60 3307.61 责任
H27 无症状 R 25 Y CAMB-7FCBD 98.61 1085.78 责任
H34 有症状的 R 30 Y 综眼- 81025 99.60 1997.98 责任
H37 无症状 R 35 N 不可用
H52. 无症状 R 34
H58. 有症状的 R / S / A / Q / P / L / N / M / K / 24
H15 有症状的 S / N 32 Y CAMB-7FBDE 99.60 2246.43 B.1.7
H41 无症状 S /问 31 N 不可用
H2 无症状 T 36 Y CAMB-7C0B4 93.55 293.223 责任
H26 无症状 T 32 Y CAMB-7FCAE 0.03 0.189437 不可用
H50. 有症状的 T 34 N 不可用
H43 无症状 U 32 N 不可用

HCW症状性和HCW症状性接触筛选组特征

由于出现症状,筛查后SARS-CoV-2呈阳性的大多数人都有较高的感染COVID-19的可能性(表7).这反映了在我们进行研究时关于自我隔离的国家指导(英国政府,2020年).

表7
的阳性SARS-CoV的-2测试之间有症状的个体具有阳性测试结果的分布,根据试验组和COVID-19基于症状的概率标准(如在定义分类表2).
SARS-CoV-2检测阳性者COVID-19临床概率评分分布
高的 媒介 总计
HCW症状筛查组 22/26
(85%)
3/26
(11%)
1/26
(4%)
26/26
(100%)
HCW症状家庭联系人 3/4
(75%)
0/4
(0%)
1/4
(25%)
4/4 (100%)

讨论

通过迅速建立扩大的HCW SARS-CoV-2筛查规划,我们发现31/ 1032(3%)的HCW在没有症状的情况下对SARS-CoV-2检测呈阳性。30个人中无症状筛查组在更深入的研究中,6/30(20%)的人在测试时没有出现任何症状。1/6出现症状,提示真正无症状运载率为5/ 1032(0.5%)。11/30(37%)在检测前出现轻微症状。虽然这些症状与时间有关,但不能想当然地认为这些症状一定是COVID-19所致。由于缺乏来自类似医疗保健环境或更广泛社区的无症状个体的点流行数据,这些比例很难进行背景分析。相比之下,在最近的一项研究中,60%的无症状居民在护理中心疫情期间检测呈阳性(Arons等人,2020年).然而,无论比例如何,通过识别和分离这些SARS-CoV-2阳性HCWs,许多二级和三级医院获得性感染无疑得到了预防。

12/30(40%)来自HCW无症状筛查组报告的症状>测试前7天,并且在该期间,多数经历了与Covid-19的高可能性的症状。Covid-19患者可以在症状发作后20天(IQR 17-24)中位数(IQR 17-24)保持SARS-COV-2 PCR阳性周等人,2020年),而现有的有限数据表明,活病毒不会超过8天(Wölfel等人,2020年).采取了一种务实的做法,允许在HCW在检测前7天和≤1个月出现>症状并在48小时内状态良好的人继续工作。该方法基于以下基础:在英国,替代病毒原因导致COVID-19症状的季节性发病率低(英国公共卫生部,2018年)、大流行期间接触SARS-CoV-2的高可能性,以及病毒RNA长时间非传染性脱落的可能性(周等人,2020年Wölfel等人,2020年).对于其他人,我们需要应用从测试的角度七天隔离标准的国家准则(英国政府2020 b).然而,对于拭子阳性后出现症状的HCW,隔离期从症状开始延长7天。

我们的数据清楚地表明,只关注符合COVID-19严格临床病例定义的个人的检测,将不可避免地错过无症状和症状不足的疾病。在社区COVID-19病例数量不断下降的情况下,这一点尤其重要,因为医院将成为当地疫情的潜在中心。因此,我们建议,在检测能力有限的情况下,应优先考虑一项反应性无症状筛查计划,以实时响应HCW疾病趋势,或(增加精确)按地区划分的阳性检测发生率。我们在F病房发现的一组病例说明了这种方法的价值,在这些病例中,不受控制的工作人员对工作人员或工作人员对患者的传播可能导致一个特别脆弱的患者群体的大量发病率和死亡率。随着SARS-CoV-2检测能力的提高,建议对医院所有地区的无症状工作人员进行滚动系列筛查规划,筛查频率根据预期感染概率决定。这种方法在护理院和其他重要机构的效用也应该被探索,也应该对长期住院病人进行连续筛查。

我们的计划的早期成功依赖于当地不同利益相关者之间的大量合作努力。类似的合作可能会在其他地方迅速、全新地发展全面筛查规划方面发挥关键作用。加强HCW筛查的全部益处严重依赖于快速获得结果。我们项目的一个关键成功之处是对取样和实验室工作流程进行了定制优化,实现了当天的结果,同时通过避免前往异地测试设施,最大限度地减少对医院流程的干扰。快速转向检测和测序对于能够及时应对局部感染群集至关重要,维持储备能力以便进行紧急反应性调查也是如此。

“红色”病房的HCW感染发生率明显高于“绿色”病房。对于这一现象存在许多解释,本研究无法区分它们。可能的解释包括患者与HCW之间的传播、HCW与HCW之间的传播、工作人员在工作场所外接触的可变性以及病房的非随机选择。还有一种可能是,即使是在为期三周的研究中,“红色”病房的采样时间也更早,在疫情演变过程中,传播更严重。对这些发现的进一步研究显然需要在更大范围内进行。此外,鉴于HCWs之间明显存在症状前和无症状传播的可能性,以及数据表明传染性可能在症状出现之前达到峰值(他等人,2020年),有充分的理由认为应在所有临床区域提供基本个人防护装备。

通过常规数据识别医院内的传输是有问题的。医院不是封闭的系统,受到许多外部感染来源的影响。冠状病毒通常具有非常低的突变率(〜10−6每地盘每周期)(Sanjuán等,2010),目前的大流行的第一个报告序列仅于12日公布th2020年1月(基因库,2020).此外,鉴于SARS CoV-2是在2019年底才传入人类的,目前流行的毒株缺乏多样性。然而,随着大流行的展开和来自患者和HCW群集的详细流行病学和基因组序列数据的生成,传播动态的实时研究将成为通报疾病控制响应和迅速确认(或驳斥)医院获得性感染的日益重要的手段。重要的是,实施这一规划需要对HCW和患者人群中的阳性病例进行积极筛查和快速测序。前瞻性流行病学数据还将告知医院工作人员是否更有可能在社区或工作场所被感染,并可能确定感染的风险因素,如聚集在公共工作人员区域或个人防护装备获取不足。

我们的研究受限于相对较短的时间框架、少量阳性测试和缺乏行为数据。特别是,由于缺乏详细的工作场所和社区流行病学数据,很难就医院传播动态得出明确的结论。观察到的阳性检测率较低的部分原因可能是与英国其他地区相比,英格兰东部的感染率较低(迄今累计发病率为0.17%)(英国公共卫生,2020年)。医疗系统HCW筛查的长期效益将通过对多个地点的工作人员进行持续纵向抽样来了解。更全面的数据将包括劳动力消耗和新冠病毒-19传播模型。纳入额外信息,包括人员配备水平、缺勤和比例变化在引入广泛检测之前和之后,员工自我隔离将更好地告知国家和国际层面筛查的影响。此类模型对于优化对职业性获得的新冠病毒-19的影响以及降低医院成为持续新冠病毒-19传播中心的可能性至关重要N

在没有有效疫苗的情况下,随着社交距离规则的放松,很可能会出现更多的新冠肺炎疫情。了解如何限制医院传播对于确定感染控制政策至关重要,并在广泛提供可靠的血清学检测时保持其相关性。我们的数据表明,筛查计划的推广应包括无症状和面对症状患者的工作人员,这应该是国家和国际上的优先事项。我们的方法也可能有助于减少其他机构(例如护理院)的传播。综上所述,这些措施将增强患者获得医疗服务的信心和意愿,使COVID-19患者和非COVID-19患者都受益。

材料和方法

员工筛选协议

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进入测试程序的两个平行流建立和职业健康和传染病部门共同管理。首先 (HCW症状,HCW有症状家庭接触筛查组)允许任何面向患者或非面向患者的医院员工(HCW)在出现疑似新冠病毒19的症状时介绍自己或家庭接触者,包括儿童。第二(HCW无症状筛查组)是一项滚动计划,对在被认为有传播SARS-CoV-2风险的确定临床区域工作的所有面对患者和非面对患者的工作人员进行检测。监测了每天的劳动疾病报告和HCW检测结果的趋势,以便突出关注的领域,并以反应性方法有针对性地进行筛查和聚类分析。工作人员可能接触到大量疑似COVID-19患者的高通量临床区域也优先进行工作人员筛查。其中包括急诊科、COVID-19评估单位和一些“红色”住院病房。负责照顾最高级别“屏蔽”患者(血液学/肿瘤学、移植医学)的工作人员也被筛选,来自“琥珀”和“绿色”区域的具有代表性的工作人员样本也被筛选。这些区域的工作人员所穿戴的个人防护装备概述如下表5.纳入该计划是自愿的,并在抽样期间提供给在特定病房工作的所有个人。不管进入该项目的途径是什么,测试和跟进的过程都是相同的。病房对外部访客关闭。

我们设计了一个评分系统,根据现有文献中的症状确定新冠病毒-19的临床概率(Wang et al., 2020贾科梅利等人,2020表1).由指定职业健康护士根据这些准则,对自诊病人及每日接获工作人员疾病报告的员工进行分诊(表2).对中、低概率类别的自我隔离人员优先进行检测,因为临床管理的变化最有可能来自结果。

自隔离和家用检疫建议通过估计在那些有症状COVID-19(高,中或低)的预试验确定概率的基础上,存在或不存在的典型特征(表1- - - - - -2)。所有有症状的医务工作者在自我转诊时均获得症状史,所有阳性病例在获得结果后通过电话访谈再次获得症状史。所有在检测时没有症状的个体在检测结果出现后14天内通过电话进行随访。Pauci症状个体被定义为具有低概率临床新冠病毒-19标准的个体(表2).

样本收集过程

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测试主要在临时现场设施进行。两个“吊舱”(带有办公室、厨房设施、发电机和厕所的独立便携式小屋)建在靠近实验室和主要医院的地方。室外空间的设计使汽车和行人能够进入,并确保在任何时候都保持≥2米的社交距离。步行参加的患者获得了预先准备的自拭子工具包,其中包括棉签、电子标记的标本管、手套和包含在一个密封收集袋中的拭子说明。卫生舱配备了一组重新部署的研究护士,他们根据需要提供指导,以促进自我擦拭。场景1个人防护用品(表5)一直由Pod护士佩戴。车上的人通过窗户拿到了自拭子工具包,样本放在收集袋里,扔到外面的收集箱中。任何儿童(家庭接触者)都被送到隔离舱,由父母或监护人就地擦拭。

除了基于隔离舱的检测外,还开发了一项外展性HCW无症状筛查服务,以便向工作领域的HCW提供自拭子包,最大限度地减少对医院工作人员日常工作的干扰,并最大限度地为有症状的工作人员提供隔离舱。在24小时内在目标区域工作的所有员工的名单被收集起来,并相应地准备好工具包。研究护士向目标地区提供自拭子包,培训该地区的高级护士向其他同事传授安全的自拭子技术。试剂盒放置在目标区域24小时,以捕捉整个轮班周期的模式,所有试剂盒和运输设备在收集前都用70%的乙醇彻底消毒。每天两次,标本被送到实验室进行处理。

实验室方法

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本研究的拭子、提取和扩增方法遵循最近验证的程序(Sridhar等人,2020年).如前所述,受试者在喉咙后部和鼻腔进行自拭子(我们的数据世界,2020年).单干燥无菌拭子立即置于运输介质/裂解缓冲液含有4M硫氰酸胍灭活病毒以及载体RNA。这有助于病毒RNA的基于BSL2-手工提取在MS2噬菌体扩增对照的存在。这些试剂和组件的使用避免了使用国家检测试剂盒的需要。如先前所描述和结果通过与阈值循环(CT)≤36的适当的控制的FAM扩增的确认验证进行实时RT-PCR扩增。下的CT值对应于前面的检测的RT-PCR过程中的病毒RNA的,与病毒基因组的较高拷贝数对应。在2 /1270案件,RT-PCR未能扩增内部控制和结果丢弃,HCW提供的重新测试。阳性样品的测序试图在用CT样品≤30使用多重PCR为基础的方法(Quick et al., 2017),使用修改后的ARTIC v2协议(快,2020)和v3底漆组(汽车列车网络,2020).基因组通过参照装配和生物信息管道组装,如所述(Quick et al., 2017),使用20倍的最小覆盖率作为基因组任何区域的截断点,以及50.1%的单核苷酸多态性(SNPs)的截断点。样本测序是作为英国COVID-19基因组学联盟(COG-UK)的一部分进行的,该联盟是英国国民保健服务(NHS)组织、学术机构、英国公共卫生机构和惠康桑格研究所的合作伙伴关系。

结果报告

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只要他们是可用的,积极的成果是由传染病医生,谁拿症状的进一步详情,包括发病的时间,并给临床的意见(打电话给患者表2).职业健康护士通过电话或通过安全的内部电子邮件系统发送电子邮件报告阴性结果。关于返回工作岗位的建议见表2.被建议进行自我隔离的个人被指示在他们通常居住的地方进行自我隔离。特别为脆弱的工作人员或病情较严重但不需要住院的人员提供了后续电话咨询。对检测时无症状的个体进行类似的随访,以监测新发症状。在获得了口头同意后,所有结果将被报告给医院的感染控制、健康和安全团队,以及英格兰公共卫生部,后者收到了所有阳性和阴性结果,作为每日报告流的一部分。

数据提取和分析

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拭子结果数据直接从Epic (Verona, Wisconsin, USA)医院-实验室接口软件中提取。电话会诊时记录的症状详细信息是从Epic临床记录中手工提取的。数据使用Microsoft Excel进行整理,图形使用GraphPad Prism (GraphPad Software, La Jolla, California, USA)生成。Fisher精确检验用于比较在主要文本中定义的组之间的阳性率。采用Mann-Whitney检验比较不同类型受检个体的CT值。给SARS CoV-2基因组的HCW样本分配了全球谱系Rambaut等人。,2020年使用穿山甲实用程序(奥图尔和麦克隆,2020年).

道德和同意

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作为一项医疗保健相关感染的研究,根据2006年国民保健服务法案第251节的规定,这项调查不需要伦理批准(参见国民保健服务健康研究管理局的算法,可在http://www.hra-decisiontools.org.uk/research/,这结论是不需要正式的道德批准)。从匿名案例Vignettes中描述的每个HCW获得书面同意。

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  31. 31

决定信

  1. 何塞·维姆·范德梅尔
    高级和查看编辑;Radboud大学医学中心,荷兰

在透明度,网上生活出版的最实质性修改请求和伴随的作者响应。188bet体育电竞

验收总结:

你的论文很好地演示在医护人员冠状病毒感染的系统和全面的测试的重要性。无症状携带者,虽然是少数,检测这种方式,可以预计其在医院环境中病毒的传播贡献。

决定书:

您提交的内容已经过一位副编辑和一组高级编辑的评估,他们认为您的作品符合快速通道的要求。这篇论文交给我来判断手稿的质量、评论的质量以及根据评论进行的修改。我必须说,修改后的论文的质量和新颖性给我留下了深刻的印象。另外,七名审查员提供了非常积极、建设性和全面的审查。

https://doi.org/10.7554/188bet体育电竞eLife.58728.sa1

作者的反应

[编者注:以下是作者从另一本杂志收到的评论,以及作者的回复。]

对作者的评论:

评论家# 1:

1)部分“上下文研究”:摘要被筛选并判断相关性,但没有迹象表明该相关性评估标准。这应该描述。

非常感谢你指出这个遗漏。修改后,这一行现在是“人工筛选和判断摘要的潜在相关性”。如果手稿讨论了对SARS-CoV-2的HCW检测,则对该论文的内容进行了审查,并在适当时引用。”

请定义一下HCW,这包括牧师之类的人吗?

感谢您对此提出质疑。为了本研究的目的,我们在修订稿方法部分的第一段中提供了HCW的定义,以提高清晰度。

3)其他在病人附近但不提供治疗/护理的医院工作人员怎么办?例如,清洁工、搬运工和送餐盘的人?它们也有可能将病毒传播给病人……为什么这项研究仅限于HCWs?在文章的后面,你会用到术语“面对病人”,最好在文章的前面组织好术语(见我上面的评论2)。

请参阅我们于2点澄清被提供了测试的是医护人员的范围的响应。没有症状的面向患者和非患者面临员工被排除测试。没有面向患者和非患者面临的工作人员在该方案的无症状筛查组有针对性的地区工作被排除测试。我们已经改变了讨论,以避免混淆的用语与问候到这一点。

4) 摘要方法:“喉/鼻自拭子”不清楚,似乎“/”应该是“+”

我们如图所示纠正了这一点。

5)方法应该更明确,说明家庭联系人包括成人和儿童(我不得不在补充材料中寻找后者的细节)。

我们如图所示纠正了这一点。

6)您的意思是,书面知情同意只获得了案例中的人,而不是研究中的每个人?即使英国的这项研究不需要研究伦理委员会的批准,但获得所有参与者的书面知情同意也是合乎伦理的,因为hcg是一个脆弱群体。此外,你需要这个正式的同意程序,以便向他们解释数据共享的细节,这是一个大问题,因为英国仍然遵循GDPR直到12月31日。

这是一项通过职业健康进行的服务评估,HCW同意进行测试。没有个人身份数据已共享或披露,因此GDPR不适用。

7)为了自我隔离,人们是被送回家还是去别的地方?

这些人被要求在平时的住所进行自我隔离。为了清晰起见,我们在正文中添加了这些信息。(见SI,“结果报告”段)

8) 你所说的“进行PPE审查”是什么意思?这是问他们是否有PPE,是否有足够的PPE,是否有合适的PPE,是否在重复使用PPE?如果你发现了令人不安的答案,你是否提醒过任何人?

我们已经详细阐述了在修改稿不当使用个人防护装备的情况下制定的PPE评论和干预的性质。观察供应不足的设备的任何情况下,等正确使用所提供的设备的培训和教育是干预的唯一手段。

这句话很让人困惑:“考虑到季节性替代病毒引起的高发病率低COVID-19概率UK26症状,和高潜力SARS-CoV-2医院暴露在大流行期间,我们采取了务实的方法让这些人继续工作,只要他们前48小时内完全好了。”但这些人是你知道是阳性的吗?48小时没有症状还不够吗?在你允许它们发挥作用之前,它们不应该是消极的吗?症状可以有增有减。

非常感谢你指出这里需要的清晰度。这是检测目前无症状HCWs的一个关键问题。鉴于目前的证据表明,存活的传染性病毒很少在症状出现后8天以上就会脱落(Wolfel等人,2020年),病毒RNA可以持续脱落长达37天,甚至更久(Zhou等人,2020年),我们采取的方法是,这些HCWs(如果它们目前状况良好)不会造成重大的传染风险,并可以继续发挥作用。从本质上说,我们认为,这一组的阳性检测不应使我们偏离目前基于症状的隔离建议。这一规则的例外涉及那些骨髓移植受者,我们按照最近的国家指导要求,在返回工作岗位之前必须进行阴性检测。

鉴于长时间的症状后RNA脱落,随着无症状HCWs筛查的扩大,将需要明确的国家指导方针来应对这种情况。长时间隔离HCWs(可能在其患病后数周)将对工作人员产生重大影响,可能对感染控制没有任何好处。

为清楚起见,该句现在改为:

“这种方法是基于以下情况:在大流行和用于延长,病毒非感染性脱落的潜在的在UK26,为的SARS-CoV-2曝光的高电位高COVID-19概率症状替代病毒病因低发病季节RNA“。

10)关于表S4,请更清楚地告诉我们PPE情况与您的临床发现是否存在关联。另外,请参阅我的评论8,也许该场景实际上并不符合病房内PPE访问/使用的实际情况(PPE回顾)?我需要更清楚的说明。在图3中,我只看到了Ward Q的简要介绍。

谢谢你的建议。我们现在增加了医院COVID-19常规感染控制和个人防护用品操作的更详细描述,作为表格的说明

S4的修改稿。我们还增加了关于Q病房的更多细节(见表S2(以前的表S4)和结果部分)。

11)有病房允许外部/社区访客吗?

突出显示该病房关闭到外部访客的方法部分中添加了一条线。

评论家# 2:

这是一份及时而重要的手稿,报告了英国一家教学医院卫生工作者(hws)的SARS-CoV-2监测项目。非常重要的是,他们报告没有表现出临床症状的hcp检测呈阳性。正在设计和实施HCWs SARS-CoV-2检测协议的所有司法管辖区都应考虑这些结果。

非常感谢这位评论员对我们的工作进行的评价。

1)总结性评论:不幸的是,在本研究中,作者似乎没有调查HCW阳性病例的暴露情况。他们似乎进行了电话采访,记录了临床症状的信息,但没有记录潜在的接触情况。如果没有接触信息,就很难知道在工作场所和社区或家庭接触中感染阳性HCWs的程度。世卫组织从中国报告的初步数据表明,大多数HCW病例可能来自家庭,而不是职业接触。美国疾病控制与预防中心最近的一项研究表明,高比例的HCWs病例是仅已知接触过sars - cov -2阳性病例的个人,但只有一小部分HCW病例可能不能代表美国更广泛的情况。

非常感谢这一点。然而,为了对HCW感染的主要来源得出强有力的结论,还需要进行一项全新的研究。这可能需要对单个家庭进行访问和抽样,收集有关该家庭所有成员的详细流行病学数据,反复访问以跟踪症状的发展,并对任何阳性的家庭隔离物进行基于测序的研究。在英国剑桥,许多HCW住在合租公寓,通常与多个其他HCW。这可能进一步使工作和家庭感染的结论复杂化。另一个令人担忧的是,鉴于从无症状-缺乏症状-真正有症状的临床特征的广泛范围,即使有极其详细的流行病学信息和测序,传播的方向可能仍然难以厘清。

有趣的是,几名HCWs确实提到了也有症状或此前SARS-CoV2检测呈阳性的家庭接触者。为了说明的目的,我们在案例插图中包含了一些数据(见表2)。

2) 我觉得这项研究错过了从俘虏患者群体中收集这些暴露数据的机会。这不是一个致命的缺陷,只是一个不幸的情况。他们确实在讨论中强调了这项工作的未来需要。该研究声称已经确定了SARS-CoV-2在医院内的传播,其结果,特别是测序分析,在一定程度上支持了这一点。然而,如果对阳性HCW的接触信息进行流行病学报告,情况会更糟。我认为这一限制需要在讨论中更清楚地说明。作者正确地指出,鉴于冠状病毒相对较低的突变率,通过测序进行菌株鉴定并不是一种区分定点病毒感染源的方法。从研究设计/报告的方法来看,尚不清楚受试家庭接触者是否为阳性HCW的病毒来源或受体。这是另一个相关的信息,可以通过流行病学调查梳理出来。

谢谢你的建议。我们加入了讨论,以突出本研究的局限性。

3)摘要方法:请包括医院(城市、国家)的位置,以便读者了解教学医院中hcs以外的感兴趣人群。

我们已经添加了这些细节。

研究结果:是否有空间对有症状的HCW筛查人群和有症状的家庭接触者进行测序分析?

非常感谢你的建议。不幸的是,由于摘要中字数的限制,以及我们对测序数据解释的细微差别的关注,我们决定在摘要中限制对该数据的讨论。我们国家:

“病毒基因组测序显示,大多数hws的显性谱系为B.1。”

我们将在手稿的其余部分更详细地讨论这些数据。

方法:请阐明两种平行的检测流程是如何结合起来的。结果参考了“RT-PCR失败率”,这可能与此有关,但它从未被解释(主要文本或补充信息)。

非常感谢你的建议;我们已经按照要求更新了方法部分,以描述进入和随后的两个平行测试流的集成

(参见“员工筛选协议”)。我们还将“RT-PCR失败”定义为“内部控制失败”。

6)在结果中有一些“方法”——下面列出了一些具体的例子。

非常感谢你指出这些;我们已经解决了以下所有关切

7)方法/结果:预期暴露于COVID-19的风险(红色、琥珀色、绿色)——高、中、低风险病房的定义应在正文中(方法部分,而不是结果部分)提供,或至少参考补充材料中的表S3。《员工筛选协议》中的句子暗示了这些风险领域,但这必须明确地告诉读者。如果表S3能够提供属于不同标准的病房/医院服务区域类型的具体示例,那就更好了。我意识到,部分标准考虑的是该地区是否存在确诊的SARS-CoV-2,但可能有些病房/服务类型的风险总是较高,因此可以归入这一类别。表S4对这些细节做了更多的说明,但仍然不是一个具体的描述——只是一些笼统的术语,比如“实施气溶胶产生程序的区域”。我认为这很重要的原因是提供一些关于高风险医院病房/服务类型的指导,而不仅仅是那些根据定义被称为“红色”或“琥珀色”的病房/服务。也许在描述性结果中更好地提供这一点——根据定义,病房/服务的类型属于每个风险类别。

我们现在在表S1(之前的表S3)中包含了属于红色/琥珀色/绿色类别的服务区域的示例,因为该表额外包含了每个区域中使用的PPE的详细信息。我们显式地引用了表S1-S2

(之前的表S3-S4)。

8)结果-请定义什么是“RT-PCR失败率”-读者不清楚-请在方法中定义。这可能与平行的测试流有关,但这在主要文本中并不清楚,必须加以解释。

如上所述,我们已经在方法一节中对此进行了解释。

9) 结果文本参考图1-图补充1:请提供线性回归系数和P值,因为在本分析中CT值与症状出现后天数之间缺乏相关性。请在补充信息中提供线性回归的简要说明(如何用结果检查连续预测值的线性?如何检查模型假设?

非常感谢你的建议。我们注意到,审稿6还询问了使用线性回归模型来分析这些数据的适当性。评4询问有关症状群(无症状/早期症状/晚后症状)和Ct值之间的关系的进一步细节。

我们同意线性回归模型中正态性的基本假设可能不适用于我们的数据。更好的方法是对组间差异进行非参数分析。(见图1 -图补充1)。

因此,我们重新分析了最初出现在图1 -图补充1中的数据,按照我们在文中使用的定义(症状≤7天,症状>7天),根据自症状出现以来的天数对阳性个体进行分组。我们使用与图1类似的布局展示了这些数据。在早期和晚期症状组之间,我们使用非参数检验(Mann-Whitney检验)未发现症状持续时间和Ct值之间的关系。

注意,重新分析并没有改变我们最初的发现,即Ct值与症状持续时间之间缺乏明确的关系。

审稿人可能还希望注意我们对审稿人4的回复,审稿人要求我们评估基于症状的风险分类(低/中/高风险)与检测阳性个体的Ct值之间的关系。我们无法检测出风险组之间的差异,但由于中/低风险组中个体数量相对较少,因此检测能力不足。我们对手稿做了调整,以提及这一点,但没有过度解释这些发现。

10)结果部分(三个子组的…):在这段的最后三分之一,呈现统计结果的句子非常混乱。我很难解释它们。它们可以更好地呈现在表格中。

我们同意审查者的观点,即这些发现是以令人困惑的方式报告的。我们简化了文本中对这些数据的描述,并改进了对图2的交叉引用。

11)这个链接上的图3的意见,这将是更好的在这个表不是一个数字,包括。这将允许列入的95%CI,我强烈建议,并会避免测试次数的混乱从图3缩放,使得它看起来像大多数病房具有零个试验阳性。这也避免了与红绿色盲的任何问题。

我们感谢审稿人的建议。为了清楚起见,我们增加了一个补充表(表现S5)也表示从这个图中的数据。

12) 结果:首次定义PPE。

我们已经纠正了这一疏忽。

13)结果:Q病区属于哪种病区?

谢谢你的质疑。我们在修改稿中对Q病房的性质做了进一步的详细说明。

14)表1:标题字幕应当改变以指示这些结果包括执行测试总数和阳性结果数/比例。这些比例应包括分散体(优选为95%置信区间)的措施。

我们感谢审稿人的建议,并对表1的标题进行了修改。

然而,我们不同意比例应该包括离散度的测量——这个表给出了我们观察到的积极结果的数量/比例的描述。请参阅我们给审稿人6的回复,其中我们证明了使用Fisher精确检验而不是使用二项比例的置信区间。(见

表格1)

15)表2:临床小样。虽然这些研究有些有趣,但它们可以提供更多信息,特别是关于可能接触SARS-CoV-2的信息。对于每一个人,我想知道他们的职业和家庭/社区暴露风险是多少。如果没有这个,我就不觉得这部分有什么信息量。从研究来看,似乎没有从研究参与者那里获得详细的接触信息。这是一个令人遗憾的遗漏,因为这一信息对于了解SARS-CoV-2向HCWs的真实职业传播至关重要。序列分析表明,F区有多个病毒株,但也存在变异。

非常感谢你的建议。我们已经修订本节使其在一般的更多的信息(如响应“总体意见”还详细介绍以上),特别是提供有关潜在风险(见表2)更多细节。

16)表3:基于症状概率的阳性试验。本表的标题应参考表S2对临床概率类别的定义。该表还应包括离散度(95% CIs)的测量。

我们调整了此表的标题,以指出表S4(以前S2)如图所示。由于给定的比例显示了分布积极的每组检测结果按临床危险组和非危险组的百分比而定所有每个筛选组的测试结果(即,请注意,行总计到100%)我们觉得应用分散措施是不合适的。我们已经修改了这个数字传说来澄清这一点。

17)图1:应定义CT。

我们已经纠正了这一疏忽。

18)图二:请澄清这个数字——也许用表格的形式比用饼状图更好。这将允许包含95%的CIs,并避免色盲患者的任何红/绿颜色混淆。此外,在中间饼图中显示的信息将在文本中描述(包括分类),但在图形标题中没有很好地描述(这很令人困惑)。如果以饼图的形式保存(不是我的偏好),需要明确的是,高/中/低的左右饼图分别是ii或iii的饼图,图中有标签或描述。第二,中间饼图的比例代表什么?看起来像是所有阳性测试的比例

非常感谢您的建议。我们已经更新了饼图中的颜色,以避免色盲患者遇到困难。我们已经删除了有关中央饼图的混淆信息,并引用了正文,并澄清了上图图例中突出显示的其他信息。我们认为添加95%CI不合适s、 因为所描述的数字是HCW的实际数量(参见图2和结果部分)

19)图4:y轴的比例是多少——阳性试验的数量?什么是“反应性筛选组”?这个术语在结果中有部分定义,但为了清晰起见,应该在图中定义。

我们已经修改了Y轴的图4标签澄清,这是试验SARS-COV-2返回正数。与评推荐线路,我们扩展图例澄清每个组的含义。(参见图4)

补充材料:表S1, S2, S3和S4需要标题来更好地引导读者。它们对正文中的案例和风险定义是有参考价值的。一个人不能去到表和理解他们包括什么没有表的标题,而从文本推断它。例如,表S1提到了主要和次要症状,但从表本身看并不明显。

谢谢你的建议。我们在S1-S4表中添加了标题以提高清晰度。

21)表S3:主要文本是结果部分的风险分类对齐,红色=高,琥珀=中,绿色=低风险。这是有意义的,但在表S3中(同样需要标题),应该显式地列出红色=高,等等。

谢谢你的建议。我们已经向列添加了标签。

22)表S5说明:这应包括包括哪些分离物的详细信息(例如,研究中的所有分离物?所有HCW分离物?家庭接触分离物如何?)。

感谢您的建议。我们添加了更新的表S5说明以澄清这一点。表中包括了研究中所有HCW和家庭接触者的分离物。

23)图4 -图补充1:颜色过于相似,无法区分不同病房的病毒序列的系统发育关系。我知道这是补充材料,不是正文,但这是非常有趣的,我不能清楚地区分它们。也许可以给每一个数字加上一个数字,或者用其他方法来区分它们。

非常感谢这个有用的建议。我们现在增加病房信系统发生树有助于清楚。(参见图4位数的补充1)

评论家# 3:

1)摘要:百分比的引用具有欺骗性。31人中,有1人无法跟进。我建议,这应该在摘要中报告,然后相关的%是12/30或40%。同样,75%实际上是9/12(这么说),并提供了55%(目前报告为54.8%)的分子/分母。同样,15%(不是15.4%)和4/52(8%)。

我们已经根据这些建议对手稿进行了调整

2)简介:也许令人厌恶的是,无症状的HCW在基于症状的隔离顶部占“仅”16-23%的“仅”16-23%。可能取决于ppe-provision - 可能值得一提?

英国伦敦帝国理工学院(Imperial College, London, UK)的报告得出了这一估计,该报告并没有特别提到ppe供应在他们的模型中的作用。然而,他们确实提到了24小时周转对结果的重要性。对这句话进行了修改,现在改为“如果在24小时内获得结果,对无症状HCWs进行每周检测,在基于症状进行隔离的基础上,可将后续传播减少1623%。”

3)结果:21例重复检查,原因合计3+11,小于21例。请澄清。

我们很抱歉这里讲得不够清楚。21人接受了复测。原因有很多,包括文中特别提到的两个原因(症状演变和COVID-19临床概率“中等”)。其他10人包括最初由于症状而筛查的人,然后作为无症状病房筛查计划的一部分重新捕获的人。我们已按要求澄清了案文。

4)结果。P12,最后一段,第1句:简洁-你是指病房(绿色,琥珀色,红色)还是家庭接触,还是什么(大概不是擦拭的位置是物质;但喉咙和鼻咽可能是指的——不过我怀疑)……请改述。

非常感谢您发现了这个遗漏——我们补充了这个词的意思是“ward”。

5)结果:首先,我要提到的是,有一个HCW无法联系以获得进一步的病史,然后在30个再次联系的患者中提供%,即20%、40%、40%。

非常感谢这个建议-我们已经按照建议更新了所有的数据和数字(整个论文)。

6)结果,p14,第1段;现在我迷路了,因为我看着表1,希望找到“绿色”6/310,但我读到7/454;至于红色,我读到了20/466。第三行中的数字从何而来?例如,在筛选完成之前的论文初稿?

我们为造成的混乱向评论者道歉。在本文中,我们报道了基于风险或疾病模式确定的21个特定临床区域的无症状HCW筛查结果。对少数在外地工作的人员进行机会性无症状筛查,在发现F、Q病房聚集性阳性病例后,加强对这些病房的无症状筛查。

我们报告的这一结果加剧筛选上病房F和的Q图4在图3中的程序,从医务人员的测试工作跨越> 1个区被列入统计的每个区域,他们的工作,而对于表1各测试结果根据最高风险的个体的医护人员被暴露的区域聚集。在表1中,我们报道了全无症状的屏幕测试结果。

这就解释了评论者所注意到的差异。由于我们认识到这是令人困惑的,我们添加了澄清传说的句子。

7)结果:我会写上“它后来被发现……”,因为其中的两个人使试图追踪可测试数字的读者感到困惑,特别是已经在前面一段中因无法追踪而感到不安的读者!

非常感谢,修改为建议提高可读性。

8)结果:调查病房F(高病死率和Q (PPE关切)有既往原因。然而,看看图3,我想知道更多关于地点O和T(都是红色的)的测试数据与F和Q相似,但不同的%阳性(~ 15% vs 5%)。

在研究期结束后,O区被列入进一步的整群调查。我们已经在结果部分强调了这一点,并包括了病房类型的描述。由于T病房阳性检测率较低,未优先进行进一步的聚集性调查。

9) 结果:我将Q区的阳性试验计数定为7+1+1=9,但仅对4个进行了测序。为什么其他五个呢?请加上解释。

我们补充了其他分离株由于样本CT值>30而无法测序的细节。

10)38.7%=> 40%(12/30);数据...建议......可能的症状(CF概率症状)。

我们感谢审稿人注意到这些,并相应地调整了手稿(整个)。

11)讨论,第17页+18页+19页:我在第18页的主要段落有3条建议,第17页最后一行第4条;第18页还有两个主要段落;final =第7页,下一段第8页。我认为,任何一篇从一项研究中提出8条有根据、有说服力的建议的论文都是一项了不起的工作。

非常感谢对我们工作的高度互补的评价。

12)讨论可能会考虑患者相应的拭子试验研究是否可以保证;或照顾家庭的居民和工作人员。

非常感谢这个有用的建议。这句话是:“我们的方法在医院之外有潜在的应用价值,可能有助于减少其他机构,例如护理院的传播。”,以强调这一点。

13)表格:数字与文本中引用的数据不匹配。

我们相信审查员指的是审查员2在表1、图3和results部分中报告的测试结果之间注意到的一些明显的差异。审稿人可能希望注意到我们对上述审稿人2的回复,我们在回复中解释了数字是正确的,但由于研究的不同人群,最初的报告方式令人困惑。我们已经修改了文字,图形和表格图例,使之更清楚。我们检查了文本和表格中的所有其他数字,发现它们都在一条线上。

14)表3.是否应该为测试负数的参与者显示相应的概率额定值?似乎只给出了一个故事的一半。表1和3之间的减法无法获得答案。

我们感谢审稿人的建议。对于那些检测为阴性的个体,我们没有进行分配临床风险组所需的详细症状评分。因此,很遗憾,我们无法提供这些数据。

15)图1。蓝点的分布似乎不同,几乎可以是两种分布的混合。这个概念是否有任何主题的牵引性,例如使用不同的蓝色标绘符号表示HCW(点)及其有症状的家庭接触者(方)?

我们感谢审稿人的这一有趣的观察。根据审稿人的建议,我们对图1中的数据进行了重新评估。有症状家庭接触者与有症状HCWs之间CT值差异的Mann-Whitney检验无显著性差异(p=0.06),这可能反映出有症状家庭接触者检测阳性的人数较少(n=4)。

然而,根据亚组进一步考虑Ct值显然是有趣的,我们根据症状持续时间对值进行了比较,正如我们在审稿人2中强调的那样。

审稿人#4:

谢谢你的这份重要文件。我们确实需要以数据为导向的建议来筛查卫生保健工作者,以减少SARS-CoV-2的医院感染。需要解决的主要问题是,在你的“无症状”组中只有31个实际上是无症状的,其余的不是症状后就是症状前。这需要在整篇论文中更加明确地定义,因为它对感染控制具有重大意义。

我们感谢审稿人对我们工作的赞赏。HCW无症状筛查组的个体在筛查时无症状,但可以分为不同的亚组,其中一些人在检测前出现症状。我们同意这一点尚不明确,并已按照要求进行了大量澄清,特别是在“SARS-CoV-2阳性无症状HCW的三个亚组”一节。

2)标题意味着您已经建立了一个筛选计划,但您真的已经完成了一个点普遍的调查,并且实际上并没有提出筛选程序应该是什么样的建议 - 最重要的是,最重要的是应该如何测试HCW的频率。我建议您使用您的结果提出关于本主题的建议,或者建议改变标题(和目标)以将其反映为普遍存在的研究,以了解HCW中Covid-19的症状筛选和高风险病房。

我们恭敬地不同意审稿人的观点。我们建立了一个筛选计划,并在补充资料中详细说明了如何运作。所提供的信息不是点流行率调查。相反,数据是在最初的3周期间收集的,只是反映到目前为止方案的产出。尽管如此,我们还是按照上面的讨论改变了标题。

3)在方法部分,请定义“无症状”和“pauci-symptomatic”,我建议定义“pre-symptomatic”和“post-symptomatic”团体为了清晰起见,和维护这些组名称的使用在作为“无症状”组织并不是真正的无症状,他们只是没有症状的时候测试。同时,随着这些术语的使用和理解你的结果很重要,请解释图表用于高概率COVID症状和颜色编码系统方法的文本部分的病房——而不是让读者去理解这些分类的数据。也请解释背后的理由,包括基于位置的指定。在这些方法中,您还应该定义Ct值以及如何使用这些值来估计病毒载量。

谢谢你的这些评论。我们现在已经在方法部分定义了“缺乏症状”。我们已经在方法中提到了示意图和颜色编码。基于位置的指定是给了一个代码的病房位置,以便病房、工作人员和病人无法识别。S5(见表)。详细的CT值和关系的病毒载量现在在方法。

4)在结果部分,我认为知道有多少症状后HCW有低Ct值和可培养病毒是非常有用的。这对于HCW的回归工作实践有着非常重要的意义我非常希望你们能提到这一点。看起来你有这个数据,但它不是以这种方式呈现的。此外,请在结果部分提供病毒载量的数据(每组Ct值的范围或中位数Ct值)。我认为无症状HCW的子群体应该是重点,因为这对感染控制项目非常重要。此外,请在结果部分添加一些信息,说明HCW执行测试和返回结果所需时间的中位数,以及你们的设施对阳性结果的具体建议。

非常感谢这些有趣的观点。我们无法收集可培养病毒的数据,因为在研究时,我们缺乏进行此类分析的设施。我们引用了之前的一项研究来研究这个问题(Wolfel等人,2020年)。正如我们对2号评审员的回复中所述,我们现在已经根据亚组分析了Ct值。未收集有关HCW进行试验所用时间的信息,但采样时间为10分钟。从样本到达实验室到向HCW提供结果的时间为12-36小时,这取决于每个样本在工作日的采集时间。

5)我在讨论中失去了少到你的主要结论和建议是基于你的结果是什么。我个人喜欢的症状群体看到医护人员Ct值 - 症状前,在测试(可能由高,中,低临床可能性)的时间症状,和后期的症状。这将真正突出感染力的差异,并为需要对所有医护人员的间歇测试一个伟大的框架。

请参阅我们对评审员2的回复,他也提出了同样的观点。

总而言之,我认为这是一项伟大的工作,可以回答一些非常重要的问题,即所有医院如何在未来预防院内SARS-CoV-2感染。

再次感谢这位审稿人对我们工作的赞赏。

评论家# 5:

祝贺你在大流行期间设立了员工筛选计划。

主要问题:

1)我发现很难理解您的手稿的主要目的是描述无症状医护人员中SARS CoV2携带流行率还是描述您的感染控制/职业健康计划。手稿的大部分内容都是关于后者的,但我发现在缺少任何与你所做的成功(或其他)相关的数据的情况下,它相对来说是无趣的。我建议你忽略它,把重点放在你的发现上,即真正的无症状携带在医护人员中是罕见的,即使是在大流行期间。

谢谢你的建议。我们现在已经在修订本的结果部分和讨论的开始部分描述了真正的无症状感染率。然而,重要的是要认识到,在某些情况下,SARS-CoV-2检测呈阳性的个人所经历的较轻症状可能与COVID-19无关,即使是暂时相关的。在我们的研究中,只有15%的有症状的HCWs对SARS-CoV-2检测呈阳性,这一事实提醒我们,与COVID-19相关的症状有许多潜在的替代原因,它们可能与SARS-CoV-2感染同时发生。为了这个目的,我们在讨论中添加了一句话。

2) 手稿的标题具有误导性:一项综合医务工作者(HCW)筛查计划将无症状HCW确定为SARSCoV-2医院感染源。您已经在医务工作者中确定了SARS-CoV2无症状携带者,但您没有证明他们是传播源。

非常感谢这一点。我们按照建议将标题改为:“一项全面的卫生保健工作者SARS-CoV-2筛查计划,以检测无症状感染:一项前瞻性队列研究。”

3) 请将所有结果显示在结果部分,而不是讨论部分。

我们重新检查了我们的手稿,发现在讨论中强调的唯一数据没有在结果部分的文本中直接强调:“来自无症状筛查组的57%的HCWs是缺乏或无症状……”。然而,这个数字可以直接从图2中得到。

4)请说明无症状筛查项目纳入标准 - 什么是该标准被定义为那些病房“参谋”。是不是自愿的?什么工作人员的比例实际上是测试?

我们已添加细节,即测试是一个自愿流程,并为在抽样期间在给定病房中工作的所有个人提供。

你的“缺乏症状”的标准是什么?

请参阅我们的审阅者的上述第一个问题的回应。

6)请给SARS-COV2阳性的患病员工之间谁都是真正无症状的,并没有被对症以前(除非症状,发病时间为>测试前24天)的数据。这些数据也应该在摘要中给出。如果我理解正确的结果可能会低至一千零三十二分之六(约0.6%)

谢谢你的建议。我们已将此添加到修订稿的结果部分。

6)在报道流行情况时,读者理解背景是很重要的。对于那些不熟悉英国的情况(或更好的在你的地区)的时候你的学习(甚至那些可能不记得未来的情况,当他们阅读你的论文)请给一些数据在社区的情况。我理解,英国的低检测率使这一问题难以解决,但人均COVID - 19死亡人数等数据至少会提供一些背景信息。你还应该在你的讨论中提到,你的流行率(至少在绿化区)可能只是社区流行率,或者可能低于社区流行率。纽约市无症状孕妇的发病率为13.7%。(https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2009316)。在不了解无症状患者阳性流行率的情况下,很难知道检测所有患者或所有工作人员是否可能是一种更有效的措施。

非常感谢你强调了这一点。在我们的讨论中,我们已经强调了缺乏来自类似医疗保健环境中无症状个体的点流行数据的问题,但是我们现在将这一点修改为:

“由于缺乏来自类似医疗机构或当地社区的无症状个体的点流行数据,这个数字很难放在背景下分析。”相比之下,我们讨论了一份研究SARS-CoV2暴发期间护理中心无症状居民感染流行情况的出版物。

此外,我们还修改了另外一句话:“这可能部分是因为与英国其他地区相比,英格兰东部的感染率相对较低(迄今累计发病率为0.17%)。”

关于无症状患者的患病率,这将是重要的信息,但目前还没有这样的数据。

7)同样,在病房里提供更多感染控制措施的细节也会有帮助:FFP3口罩是否常规适合测试,是否重复使用,病房通风(每小时换气),使用高流量鼻氧和无创通风,是否有单人房和空气感染隔离室,是否有限制员工传播的措施?这一点尤其重要,因为你们发现红色区域病房的阳性患病率更高。

谢谢你的建议。我们将医院COVID-19感染控制和个人防护装备实践的更详细描述纳入修订手稿的表S2(以前的表s4)。

8)讨论需要大大加强,以使它集中在研究的发现,而不是夸大这些发现的含义。例如:讨论的前两段不是基于你的发现或任何数据,可能是针对英国的。我所在的医院每天进行五次现场PCR检测,不需要“实质性合作”。最好先陈述你的主要发现。

谢谢你的反馈。我们重组了讨论部分,并删除了以英国为中心的内容。在现有临床实验室能力有限的情况下,我们选择强调合作努力的效用,以实现HCW筛查项目的快速发展和升级,因为我们相信,这是国际上许多其他机构都将面临的挑战。

9)“我们的数据清楚地表明,对符合COVID-19严格临床病例定义的个人进行无情的检测,将不可避免地错过无症状和无症状疾病的重大负担”。我建议,<1%的流行率(在排除先前有症状的工作人员之后)更好的描述为小但可能重要,而不是很大。

我们删除了“一项重大负担”一词。

10)“这种方法的价值是由我们在病房F,其中不受控制的工作人员对病人传染的后果有可能造成大量的发病率和死亡率可能潜在的病例群集的检测说明”。我找不到任何的数据表明工作人员和病人间的传播。

谢谢你的质疑。现在,我们将这部分讨论重新措辞,以提高清晰度,如下:“这种方法的价值体现在我们在F病房发现的一组病例中,工作人员与工作人员之间或工作人员与患者之间不受控制的传播可能导致特别脆弱的患者群体的大量发病率和死亡率”。

11) “冠状病毒的突变率通常很低(每个周期每个位点约10-6个)28,首次报告的当前大流行序列仅于2020年1月12日公布。虽然病毒基因组学与流行病学数据相结合,是调查潜在传播事件的有力工具,但鉴于SARS CoV-2仅于2019年底引入人类,目前缺乏div循环毒株的多样性。随着大流行的展开以及来自患者和HCW群体的更详细的流行病学和基因组序列数据的产生,传播动力学的实时研究将成为告知疾病控制对策的日益重要的手段。前瞻性流行病学数据还将告知医院是否l工作人员更可能在社区或工作场所感染,并可能确定感染的风险因素,如在社区工作人员区聚集或无法充分接触PPE”。

这似乎有点投机,我无法真正看到与你的研究结果相关。你认为,面对落下的社区传输筛查HCW变得更加重要。如果社区感染罕见,那么最可能对HCW的传播源是患者。如果是这样,那么没有筛查所有患者都更有意义?这尤其如此,即使社区传播相对较高(基于英国人均高死亡人数),排除以前有症状的HCW患者普遍存在约为0.6%。

审查员是正确的,随着病例减少,迅速识别医院获得性感染的能力对于确保感染控制措施的有效性至关重要,实现对HCW和患者的检测将是关键。我们的目的是强调HCW筛查应该作为一揽子计划的一部分实施,当然也包括患者筛查。我们在讨论中更新了案文如下:

“然而,随着患者和HCW集群的大流行展开和细节流行病学和基因组序列数据,传输动态的实时研究将成为通知疾病控制响应和快速确认(或矫正)医院获得的感染的越来越重要的方法.重要的是,实施这一规划需要对HCW和患者人群中的阳性病例进行积极筛查和快速测序。前瞻性流行病学数据还将通知医院工作人员是否更有可能在社区或工作中感染,并且可以确定收购感染的危险因素,例如公共员工领域的会众或对PPE的进入不足。“

12)缺乏关于员工工作以外行为的数据应该被认为是这项研究的一个弱点。

我们在讨论的限制部分增加了内容:“我们的研究受到相对较短的时间框架和少量阳性测试的限制以及缺乏行为数据。

13)小的评论:

讨论:参数化而不是参数化

抽象的,发现。使用“相反”这个词对我来说意味着在检测前7天出现>症状和真正无症状或缺乏症状是相互排斥的类别。他们大概不是。

我觉得这些小插曲一点用处都没有。

根据评审员2的要求,我们更新了小插曲以添加更多细节。我们删除了“相反”一词(见表2)

评论家# 6:

本文报告了医护人员COVID-19筛查研究的结果。该研究于2020年4月6日至24日开展,在一家拥有1300张床位的教学医院筛查了32名无症状卫生工作者,目标是被认为传播风险较高的病房。研究期间共有31例无症状病例,其中12例既往出现与COVID-19相符的症状,55%的病例是真正无症状的。作者可能希望考虑以下评论:

1)摘要:我将在方法部分说明每个HCW是否在三周期间进行了一次或多次测试。为了避免混淆,我将在调查结果部分报告n(%)。我认为这75%指的是有症状的12名医务工作者中的75%(38.7%)。

非常感谢你的建议。我们已经在调查结果部分添加了建议的细节。21个人由于各种原因进行了重复测试,结果部分的第一段对此进行了讨论。由于空间限制,我们没有将这些细节添加到摘要的方法部分。

2)方法部分应在附录中提供有关研究设计和程序的更多详细信息。例如,HCW完成了多少测试?研究中包含哪些部门/临床区?如何收集有关症状的数据?有提到电话咨询,但这是在测试的当天完成的,那里有跟进吗?一个段落,提供方法部分中这些问题的摘要将有用,以便读者不需要阅读附录以了解该研究。

谢谢你的建议。我们已经添加的内容方法部分的第一段进一步解释我们的研究设计的这些方面。医护人员或家庭接触将经历重复检测被包括在结果部分的第一段的(见方法和结果部分)的数量

3)在数据分析部分中提到的与Fisher确切检验相关的“定义组”是什么?同样地,与Man-Whitney测试相关的“类别”是什么?另外,哪些变量使用了Man-Whitney检验?这一部分应该针对目前的研究更具体,目前它是非常通用的,相同的文本可以用于任何研究。

我们对所采用的统计检验不够明确表示歉意。按照审稿人的建议,我们对方法部分进行了相应的调整,并增加了对应用了哪些测试以及在哪些地方进行了测试的清晰度。

4)图1:我将在图图例中报告每组的中位数和四分位范围。提示中位数的95% CIs是计算出来的,是怎么计算出来的?报告指出,"由于出现症状,HCW无症状筛查组的病毒载量明显低于接受检测的组(图1)"。如图1所示,数据显示无症状组的中位数略高于30,而症状组的中位数约低于25。我不确定我是否漏掉了什么。

我们为图例中的错误向审稿人道歉。这个数字确实显示了中位数和四分位数范围,正如评论者所建议的那样。我们已经相应地更正了这个图例。

的CT值和症状组之间的关系,应该注意的是,有一个逆CT值和病毒载量的关系(即高病毒载量患者会有病毒的存在在早期检测到循环rt - pcr过程,因此较低的CT值)。我们注意到,审查者4也要求进一步澄清这一点。我们已经修改了图例和方法以使其更清楚(参见图1)。

5)图3:是“总阳性%”为总人口或内绿色,琥珀色和计算分别红?

总阳性的%是指总人口一切积极的测试结果,而不是治疗绿色/黄色/红色分开。我们已经修改为清晰起见,图例(图1-图补充1)。

6)图1 -图补充1:图中的这个图例提到了线性回归,应该在统计分析部分说明。此外,如果使用线性回归,为什么数据点被报告为中位数而不是平均值?是否担心变量是否近似正态分布?如果是,考虑到可能违反了线性回归的假设,这在线性回归中是如何处理的?

我们感谢审稿人的这一观察,这与审稿人2和4的观察一致,并且已经在上面讨论过了。简而言之,我们同意线性回归不是合适的统计方法,因为这些数据不能假定正态性。我们用非参数分析代替了图1 -图1。这个分析并没有改变我们的发现(Ct值和症状持续时间之间缺乏关系)。(见图1 -图补充1)

7)我不确定Fisher精确测试的p值提供了多少信息?阳性病例数量较少,使用描述性统计可能更合适。我建议所有案例和非案例之间的比较都可以列在表格中。这可能是二进制/分类变量的n(%)(如症状vs无症状,红色vs绿色vs琥珀色等)和连续非参数变量(如病毒载量)的中位数(IQR)。这样一个表格将在一个地方清楚地概述研究的主要结果和结论。

精确费雪检验的一个很好的特点是它可以在小样本容量下使用因为它不依赖于渐近逼近。例如,你可以在http://www.biostathandbook.com/fishers.html上看到约翰·h·麦克唐纳的《生物统计学手册》。金博宝体育电竞总结:“当你有两个名义变量,你想知道一个变量的比例是否因另一个变量的值而不同时,使用Fisher独立性检验。在样本量小的时候使用它。”出于这个原因,我们选择在Results部分继续使用Fisher的精确测试,但是感谢审稿人的建议。

评论家# 7:

我必须祝贺Rivett等人的伟大工作,他们为COVID-19期间对医护人员进行检测提供了非常必要的理由。我只是有几个小建议。

非常感谢对我们工作的赞扬。

小的评论:

1)该研究是否有可用的数据来解决以下问题,因为它们可能为传播动力学提供有用的见解:

a)是否有最初检测呈阴性,但出现COVID-19症状后检测呈阳性的病例?

在有症状的组中,此前没有任何HCWs检测呈阴性,这可能是因为在开始筛查规划之前没有进行过筛查。审查的审查期间是该方案的头三个星期。随着课程的发展,我们预计会看到这样的人。

2)来自症状家庭接触的HCWS测试?如果是这样,有多少积极的HCWS案例是与家庭联系人的链接?

如有要求,可同时检测有症状家庭接触者的HCWs。在所有四例家庭接触者检测呈阳性的病例中,与他们生活在一起的HCW也检测呈阳性。

3)无症状人群阳性的家庭成员是否出现新冠肺炎?

感谢您对这个问题,这个信息没有收集。

4)有趣的是,在您的研究中,在本研究中无症状组检测呈阳性的HCWs中,大约32%的人在检测前7天出现了与COVID-19 >兼容的症状。根据英国的建议,75%的人在自我隔离7天后重返工作岗位。这是否加强了在HCWs返回工作岗位前对其进行检测的必要性?

这可能加强了在HCW重返工作岗位之前对其进行检测的必要性,但鉴于Wolfel等人2020年的证据,似乎在症状出现后8天内无法培养活病毒。诚然,这是一项涉及患有轻度疾病的健康参与者的小型研究。这表明,从感染控制的角度来看,目前症状出现后7天的隔离是相对安全的。基于这一证据,我们相信我们很可能检测到非存活病毒RNA的长时间脱落。显然,需要进行更多的研究,以阐明活病毒实际能够脱落多长时间,从而更好地为筛查/重返工作岗位政策提供信息。这一点现在已在讨论中得到充分考虑。

https://doi.org/10.7554/188bet体育电竞eLife.58728.sa2

文章和作者信息

作者详细信息

  1. 露西Rivett

    1. 英国剑桥大学国民保健服务医院基金会信托传染病部
    2. 临床微生物学和公共卫生实验室,英国公共卫生部,英国剑桥
    贡献
    概念化,数据管理,形式分析,调查,方法,项目管理,写作-审查和编辑
    了同样的
    Sushmita Sridhar, Dominic Sparkes, Matthew Routledge和Nick K Jones
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
    ORCID图标 “此ORCID iD标识本文的作者:”0000-0002-2781-9345
  2. Sushmita bloom

    1. 惠康桑格研究所,辛克斯顿,英国
    2. 英国剑桥大学医学系
    3. 剑桥大学治疗免疫和传染病研究所(CITIID), Jeffrey Cheah生物医学中心,剑桥大学剑桥生物医学校区,英国剑桥
    贡献
    概念化,数据管理,形式分析,验证,方法,项目管理,写作-审查和编辑
    了同样的
    露西Rivett,多米尼克·斯帕克斯,马修劳特利奇和尼克·琼斯ķ
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
  3. 多米尼克火花

    1. 英国剑桥大学国民保健服务医院基金会信托传染病部
    2. 临床微生物学和公共卫生实验室,英国公共卫生部,英国剑桥
    贡献
    数据整理,形式分析,写作-初稿,项目管理,写作-审查和编辑
    了同样的
    露西·里维特,苏什米塔·斯里达尔,马修·劳特利奇和尼克·K·琼斯
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
  4. Matthew Routledge.

    1. 英国剑桥大学国民保健服务医院基金会信托传染病部
    2. 临床微生物学和公共卫生实验室,英国公共卫生部,英国剑桥
    贡献
    写作-初稿,项目管理,写作-审查和编辑
    了同样的
    露西·里维特,苏什米塔·斯里达尔,多米尼克·斯帕克斯和尼克·K·琼斯
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
  5. 尼克·K·琼斯

    1. 英国剑桥大学国民保健服务医院基金会信托传染病部
    2. 临床微生物学和公共卫生实验室,英国公共卫生部,英国剑桥
    3. 英国剑桥大学医学系
    4. 剑桥大学治疗免疫和传染病研究所(CITIID), Jeffrey Cheah生物医学中心,剑桥大学剑桥生物医学校区,英国剑桥
    贡献
    数据策策,调查,方法,写作 - 原始草案,项目管理,写作 - 审查和编辑
    了同样的
    露西·里维特,苏什米塔·斯里达尔,多米尼克·斯帕克斯和马修·劳特利奇
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
  6. 莎莉·福雷斯特

    1. 英国剑桥大学医学系
    2. 剑桥大学治疗免疫和传染病研究所(CITIID), Jeffrey Cheah生物医学中心,剑桥大学剑桥生物医学校区,英国剑桥
    贡献
    数据管理,验证,项目管理
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
  7. 杰米年轻

    英国剑桥大学医学遗传学教研部
    贡献
    数据管理,形式分析,调查
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
  8. 琼娜Pereira-Dias

    1. 英国剑桥大学医学系
    2. 剑桥大学治疗免疫和传染病研究所(CITIID), Jeffrey Cheah生物医学中心,剑桥大学剑桥生物医学校区,英国剑桥
    贡献
    数据管理,形式分析
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
  9. 威廉L汉密尔顿

    1. 英国剑桥大学国民保健服务医院基金会信托传染病部
    2. 临床微生物学和公共卫生实验室,英国公共卫生部,英国剑桥
    贡献
    数据整理,写作-原始草稿
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
  10. 马克·费里斯

    职业健康和福祉,剑桥大学医院NHS基金会信托,剑桥,英国
    贡献
    概念化,写作-初稿,项目管理,写作-审查和编辑
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
  11. M雅诗托罗

    1. 剑桥大学治疗免疫和传染病研究所(CITIID), Jeffrey Cheah生物医学中心,剑桥大学剑桥生物医学校区,英国剑桥
    2. 剑桥大学NHS医院基金会微生物学系,剑桥,英国
    贡献
    数据策策,监督,写作 - 审查和编辑
    相互竞争的利益
    医学科学院和健康基金会的拨款,国家健康研究所的非财政支持,医学研究理事会的拨款,全球挑战研究基金的拨款,威康桑格研究所的个人费用,剑桥大学的个人费用,牛津大学出版社的个人费用
  12. 路加福音梅雷迪思

    病毒学,病理科,剑桥大学,剑桥大学,英国的司
    贡献
    数据管理,形式分析
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
  13. CITIID-NIHR 2019冠状病毒病生物资源合作

    贡献
    概念化,数据整理,形式分析,资金获取,调查,写作-原始草案,项目管理
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
    1. 拉维•古普塔
    2. 保罗一个里昂
    3. 马克Toshner
    4. 本·沃恩
    5. 约瑟芬Bartholdson斯科特
    6. 克莱尔·科米
    7. Harmeet吉尔
    8. 伊恩•基恩
    9. 梅利斯·梅斯
    10. 尼古拉·雷诺兹
    11. 米歇尔Wantoch
    12. 莎拉盒
    13. 劳拉来电者
    14. 特里萨·费尔特维尔
    15. 格兰特大厅
    16. 迈拉Hosmillo
    17. 夏洛特Houldcroft
    18. 阿米努贾勋
    19. 法赫德Khokhar
    20. 安娜Yakovleva
    21. 海伦屠夫
    22. 丹妮拉·卡普托
    23. 黛布拉Clapham-Riley
    24. 海伦·多林
    25. 安妮塔弗隆
    26. 芭芭拉·格雷夫斯
    27. 艾玛Le Gresley
    28. 娜塔莉金斯敦
    29. 索非亚Papadia
    30. 汉娜斯塔克
    31. 凯瑟琳·E·马镫
    32. 詹妮弗•韦伯斯特
    33. 乔安娜·卡尔德
    34. 朱莉·哈里斯
    35. 莎拉·休伊特
    36. 简凯尼特
    37. 安妮的草地
    38. 丽贝卡Rastall
    39. Criona O布里恩
    40. 乔价格
    41. 樱桃Publico
    42. 简Rowlands
    43. 瓦伦蒂娜Ruffolo
    44. 雨果所
    45. 卡伦布鲁克斯
    46. 劳拉美人蕉
    47. 伊莎贝尔·克鲁兹
    48. 凯蒂·登普西
    49. 安妮·埃尔默
    50. Naidine Escoffery
    51. 希瑟·琼斯
    52. 卡拉·里贝罗
    53. 卡罗琳桑德斯
    54. 色彩顾问安吉拉-怀特
    55. Rutendo Nyagumbo
    56. 安妮·罗伯茨
    57. Ashlea Bucke
    58. 西蒙·哈格里夫斯
    59. 丹妮尔·约翰逊
    60. 艾琳Narcorda
    61. 黛比读
    62. 基督教Sparke
    63. 露西Warboys
    64. 斯蒂Lagadu
    65. Lenette Mactavous
    66. 蒂姆·古尔德
    67. 蒂姆·雷恩
    68. 克莱尔·马瑟
    69. 尼古拉Ramenatte
    70. 安妮·劳尔·瓦利尔
    71. 玛丽Kasanicki
    72. 佩内洛普·简埃姆斯
    73. 克里斯McNicholas
    74. 丽莎Thake
    75. 尼尔•巴塞洛缪
    76. 布朗尼克
    77. 苏伦德拉Parmar
    78. (张
    79. 包荣艾尔莎
    80. 杰拉尔丁马爹利
    81. 娜塔莉Quinnell
    82. 乔赖特
    83. 海伦墨菲
    84. 本杰明J多莫尔总督
    85. 叶卡捷琳娜·莱琴科
    86. 斯蒂芬格拉夫
    87. 克里斯托弗·黄
    88. 乔希·霍奇森
    89. 开尔文猎人
    90. 詹妮弗•马丁
    91. 费德里卡·梅西亚
    92. 席亚拉奥唐纳
    93. 琳达Pointon
    94. 乐施
    95. 雷切尔拍摄的
    96. 托拜厄斯蒂莉
    97. 深圳通
    98. 卡门·崔西
    99. 珍木
    100. 劳拉·贝加马奇
    101. 阿贝当古
    102. 乔吉鲍耶
    103. 阿洛卡代萨
    104. 玛迪埃平
    105. 安德鲁参加
    106. [287]莪HUHN
    107. 伊泽贝尔贾维斯
    108. 丹尼尔·刘易斯
    109. 乔·马斯登
    110. 西蒙McCallum
    111. Francescsa不错
  14. 马丁d柯伦

    临床微生物学和公共卫生实验室,英国公共卫生部,英国剑桥
    贡献
    概念化,方法,项目管理
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
  15. 斯图尔特富勒

    剑桥国立卫生研究院,临床研究机构,英国剑桥
    贡献
    项目管理
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
  16. 阿夫扎尔乔杜里

    剑桥大学医院NHS基金会信托,剑桥,英国
    贡献
    数据管理软件
    相互竞争的利益
    报告剑桥大学生物医学研究中心的资助
  17. 阿什利·肖

    剑桥国立卫生研究院,临床研究机构,英国剑桥
    贡献
    监督、项目管理
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
  18. 理查德J Samworth

    英国剑桥数学科学中心统计实验室
    贡献
    数据管理,形式分析
    相互竞争的利益
    报告由EPSRC资助
  19. 约翰·R·布拉德利

    1. 英国剑桥大学医学系
    2. 英国剑桥国立卫生研究院剑桥生物医学研究中心
    贡献
    监督,项目管理,写作 - 审查和编辑
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
  20. 戈登·多根

    1. 英国剑桥大学医学系
    2. 剑桥大学治疗免疫和传染病研究所(CITIID), Jeffrey Cheah生物医学中心,剑桥大学剑桥生物医学校区,英国剑桥
    贡献
    监督,项目管理,写作 - 审查和编辑
    相互竞争的利益
    报告授予NIHR
  21. Kenneth Gc Smith.

    1. 英国剑桥大学医学系
    2. 剑桥大学治疗免疫和传染病研究所(CITIID), Jeffrey Cheah生物医学中心,剑桥大学剑桥生物医学校区,英国剑桥
    贡献
    监督,项目管理,写作 - 审查和编辑
    相互竞争的利益
    报告赠款来自惠康信托
  22. 保罗J雷纳

    1. 英国剑桥大学国民保健服务医院基金会信托传染病部
    2. 英国剑桥大学医学系
    3. 剑桥大学治疗免疫和传染病研究所(CITIID), Jeffrey Cheah生物医学中心,剑桥大学剑桥生物医学校区,英国剑桥
    贡献
    监督,项目管理,写作 - 审查和编辑
    相互竞争的利益
    报告来自维康信托基金和阿登布鲁克慈善信托基金
    ORCID图标 “此ORCID iD标识本文的作者:”0000-0001-9383-1054
  23. Nicholas J Matheson

    1. 英国剑桥大学国民保健服务医院基金会信托传染病部
    2. 英国剑桥大学医学系
    3. 剑桥大学治疗免疫和传染病研究所(CITIID), Jeffrey Cheah生物医学中心,剑桥大学剑桥生物医学校区,英国剑桥
    4. 英国剑桥的NHS血液和移植中心
    贡献
    监督,项目管理,写作 - 审查和编辑
    相互竞争的利益
    报告赠款由MRC(英国)和NHS血液和输血
    ORCID图标 “此ORCID iD标识本文的作者:”0000-0002-3318-1851
  24. 吉尔斯•莱特

    职业健康和福祉,剑桥大学医院NHS基金会信托,剑桥,英国
    贡献
    项目管理,写作-审查和编辑
    相互竞争的利益
    没有宣布相互竞争的利益
  25. 伊恩·古德费洛g ^

    病毒学,病理科,剑桥大学,剑桥大学,英国的司
    贡献
    数据策策,正式分析,监督,项目管理,写作 - 审查和编辑
    了同样的
    史蒂芬·贝克和迈克尔·P·威克斯
    相互竞争的利益
    报告来自维康信托基金和阿登布鲁克慈善信托基金
    ORCID图标 “此ORCID iD标识本文的作者:”0000 - 0002 - 9483 - 510 - x
  26. 贝克尔

    1. 英国剑桥大学医学系
    2. 剑桥大学治疗免疫和传染病研究所(CITIID), Jeffrey Cheah生物医学中心,剑桥大学剑桥生物医学校区,英国剑桥
    贡献
    概念化,数据管理,形式分析,方法,写作-原始草稿,项目管理,写作-审查和编辑
    了同样的
    Ian G Goodfellow和Michael P Weekes
    相互竞争的利益
    报告来自维康信托基金和阿登布鲁克慈善信托基金
  27. Michael P不同。

    1. 英国剑桥大学国民保健服务医院基金会信托传染病部
    2. 英国剑桥大学医学系
    3. 剑桥大学治疗免疫和传染病研究所(CITIID), Jeffrey Cheah生物医学中心,剑桥大学剑桥生物医学校区,英国剑桥
    贡献
    概念化,数据整理,调查,方法,写作-原始草稿,项目管理,写作-审查和编辑
    了同样的
    Ian G Goodfellow和Stephen Baker
    为对应
    mpw1001@cam.ac.uk
    相互竞争的利益
    报告赠款来自惠康信托
    ORCID图标 “此ORCID iD标识本文的作者:”0000-0003-3196-5545

资金

威康(108070/Z/15/Z)

  • Michael P不同。

威康(215515/Z/19/Z)

  • 贝克尔

威康(Z / 17 / Z 207498 ?)

  • 伊恩·古德费洛g ^

威康(206298 / B / 17 / Z)

  • 伊恩·古德费洛g ^

威康(210688 / Z / 18 / Z)

  • 保罗J雷纳

威康(200871 / Z / 16 / Z)

  • Kenneth G C Smith

阿登布鲁克慈善信托基金,剑桥大学医院

  • 保罗J雷纳
  • 伊恩·古德费洛g ^
  • 贝克尔
  • Michael P不同。

医学研究委员会(MR/P008801/1)

  • Nicholas J Matheson

NHS血液和移植(WPA15-02)

  • Nicholas J Matheson

国家卫生研究所(剑桥生物医学研究中心)

  • 约翰·R·布拉德利
  • M雅诗托罗
  • 阿夫扎尔乔杜里
  • 戈登·多根

医学科学院(临床医生科学家奖学金)

  • M雅诗托罗

工程和物理科学研究理事会(EP / P031447 / 1)

  • 理查德J Samworth

工程和物理科学研究理事会(EP / N031938 / 1)

  • 理查德J Samworth

英国癌症研究所(精准大挑战C38317/A24043)

  • 杰米年轻

资助方没有参与研究设计、数据收集和解释,也没有决定是否将研究提交出版。

确认

本研究得到了威康基金会高级研究基金108070/Z/15/Z to MPW, 215515/Z/19/Z to SGB, 207498/Z/17/Z to IGG的资助;向IGG颁发206298/B/17/Z合作奖;首席研究奖学金210688/Z/18/Z至PJL;KGCS研究员奖200871/Z/16/Z;Addenbrooke慈善信托基金(给MPW, SGB, IGG和PJL);医学研究委员会(CSF MR/P008801/1 to NJM);NHS血液和输血(WPA15-02至NJM);国家健康研究所(剑桥大学生物医学研究中心),JRB, MET, AC和GD,医学科学院和健康基金会(MET临床医生科学家奖学金),Engineering and Physical Sciences Research Council (EP/P031447/1 and EP/N031938/1 to RS),Cancer Research UK (PRECISION Grand Challenge C38317/A24043 award to JY)。这项工作的部分内容得到了英国COVID-19基因组学联盟(COG-UK)的支持,该联盟得到了英国研究与创新(UKRI)医学研究理事会(MRC)部分、英国国家卫生研究所(NIHR)和基因组研究有限公司(作为威康桑格研究所运营)的资助188bet网球

CITIID-NIHR 2019冠状病毒病生物资源合作

主要调查人员: Stephen Baker, John Bradley, Gordon Dougan, Ian Goodfellow, Ravi Gupta, Paul J Lehner, Paul A Lyons, Nicholas J Matheson, Kenneth GC Smith, M Estee Torok, Mark Toshner, Michael P Weekes

传染病部门:尼古拉斯·K·琼斯,露西·里维特,马修·劳特利奇,多米尼克·斯巴克,本·沃恩

SARS-CoV-2检测团队:Josefin Bartholdson Scott, Claire Cormie, Sally Forrest, Harmeet Gill, Iain Kean, Mailis Maes, Joana Pereira-Dias, Nicola Reynolds, Sushmita Sridhar, Michelle Wantoch, Jamie Young

COG-UK剑桥测序团队:Sarah Caddy, Laura Caller, Theresa Feltwell, Grant Hall, William Hamilton, Myra Hosmillo, Charlotte Houldcroft, Aminu Jahun, Fahad Khokhar, Luke Meredith, Anna Yakovleva

NIHR生物资源:海伦·布彻、丹妮拉·卡普托、黛布拉·克拉帕姆·莱利、海伦·多林、安妮塔·弗隆、芭芭拉·格雷夫斯、艾玛·勒·格雷斯利、纳塔莉·金斯顿、索菲亚·帕帕迪亚、汉娜·斯塔克、凯瑟琳·马镫、詹妮弗·韦伯斯特

研究护士:Joanna Calder, Julie Harris, Sarah Hewitt, Jane Kennet, Anne Meadows, Rebecca Rastall, Criona O,Brien, Jo Price, Cherry Publico, Jane Rowlands, Valentina Ruffolo, Hugo Tordesillas

NIHR剑桥临床研究中心:卡伦·布鲁克斯,劳拉美人蕉,伊莎贝尔克鲁斯,凯蒂·登普西,安妮·埃尔默,Naidine Escoffery,斯图尔特富勒,希瑟·琼斯,卡拉·里贝罗,卡罗琳·桑德斯,安吉拉·赖特

剑桥癌症试验中心:Rutendo Nyagumbo, Anne Roberts

临床研究网络东部:阿什利·巴克,西蒙娜·哈格里夫斯,丹妮尔·约翰逊,艾琳·纳科达,黛比·瑞德,克里斯蒂安·斯巴克,露西·沃男孩

行政人员,CUH:科斯蒂Lagadu,Lenette Mactavous

CUH NHS基金会信托t: Tim Gould, Tim Raine, Ashley Shaw

剑桥癌症试验中心:Claire Mather,Nicola Ramenatte,Anne Laure Vallier

法律/伦理:玛丽Kasanicki

CUH改善和转型团队:Penelope-Jane Eames, Chris McNicholas, Lisa Thake

临床微生物学和公共卫生实验室:尼尔·巴塞洛缪、尼克·布朗、马丁·科伦、苏伦德拉·帕尔玛、张宏毅

职业卫生:艾尔萨·鲍林,马克·费里斯,杰拉尔丁·马泰尔,娜塔莉·昆内尔,贾尔斯·赖特,乔·赖特

健康和安全:海伦墨菲

医药样品物流科:Benjamin J. Dunmore, Ekaterina Legchenko, Stefan Gräf, Christopher Huang, Josh Hodgson, Kelvin Hunter, Jennifer Martin, Federica Mescia, Ciara O 'Donnell, Linda Pointon, Joy Shih, Rachel Sutcliffe, Tobias Tilly, Zhen Tong, Carmen Treacy, Jennifer Wood

样品处理与获取:Laura Bergamaschi, Ariana Betancourt, Georgie Bowyer, Aloka De Sa, Maddie Epping, Andrew Hinch, Oisin Huhn, Isobel Jarvis, Daniel Lewis, Joe Marsden, Simon McCallum, Francescsa Nice, Ommar Omarjee, Marianne Perera, Nika Romashova, Mateusz Strezlecki, Natalia Savoinykh Yarkoni, Lori Turner

史诗团队/其他计算支持:巴里·贝利,阿夫扎·乔杜里,蕾切尔·道顿,克里斯·沃克曼

统计/造型:Richard J Samworth,Caroline Trootter

道德

人类被试:罹患卫生保健相关感染病的一项研究中,这个调查是免除要求伦理批准根据2006年NHS法案251条款(参见NHS卫生研究权威算法,可以在http://www.hra-decisiontools.org.uk/research/,得出结论,不需要正式的伦理批准)。从匿名案例Vignettes中描述的每个HCW获得书面同意。

资深评审编辑

  1. Jos WM van der Meer,荷兰内梅亨大学医学中心

出版的历史

  1. 收稿日期:2020年5月8日
  2. 录用日期:2020年5月10日
  3. 接受的手稿发表:2020年5月11日(版本1)
  4. 出版版本:2020年6月24日(版本2)

版权

©2020,Rivett等。

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